More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1733 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
294 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  88.78 
 
 
294 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  75.17 
 
 
294 aa  448  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  77.55 
 
 
294 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  71.77 
 
 
294 aa  436  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  71.77 
 
 
294 aa  411  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  74.14 
 
 
299 aa  407  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  55.94 
 
 
293 aa  326  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  53.63 
 
 
291 aa  300  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  48.28 
 
 
290 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  47.93 
 
 
290 aa  271  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  51.03 
 
 
295 aa  271  9e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  50.88 
 
 
300 aa  265  5e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  50.86 
 
 
291 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  49.31 
 
 
293 aa  259  4e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  51.05 
 
 
289 aa  252  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  47.75 
 
 
291 aa  252  6e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  50.34 
 
 
290 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  49.65 
 
 
290 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  44.29 
 
 
295 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  44.59 
 
 
293 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  48.08 
 
 
317 aa  224  9e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  45.73 
 
 
294 aa  223  3e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  46.44 
 
 
293 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  36.84 
 
 
291 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  40.62 
 
 
295 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  38.89 
 
 
291 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  35.44 
 
 
291 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  35.89 
 
 
291 aa  185  8e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.95 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.28 
 
 
319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
319 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
319 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
308 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.95 
 
 
308 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  37.95 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 
291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
295 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  37.04 
 
 
292 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  36.93 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  37.92 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.81 
 
 
290 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  36.4 
 
 
291 aa  172  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  38.23 
 
 
292 aa  172  5e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  35.05 
 
 
293 aa  172  5e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  38.89 
 
 
291 aa  171  9e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
300 aa  171  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.46 
 
 
291 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  35.34 
 
 
287 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  36.46 
 
 
291 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.49 
 
 
293 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  35.55 
 
 
319 aa  169  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
287 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  35.09 
 
 
291 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  36.59 
 
 
290 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  36.77 
 
 
290 aa  169  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  34.84 
 
 
291 aa  169  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  35.89 
 
 
290 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  34.72 
 
 
294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
311 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  36.99 
 
 
302 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.38 
 
 
292 aa  166  5e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  33.8 
 
 
289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  33.99 
 
 
338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  35.6 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  35 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
292 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  35.97 
 
 
308 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  35.97 
 
 
308 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.67 
 
 
308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  33.89 
 
 
303 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  36.01 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  35.92 
 
 
311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  34.67 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  34.15 
 
 
289 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  35.92 
 
 
311 aa  162  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  33.68 
 
 
296 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  33.55 
 
 
302 aa  161  9e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 
291 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  35.49 
 
 
296 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  34.21 
 
 
302 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4061  inner-membrane translocator  36.68 
 
 
291 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  33.55 
 
 
309 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  33 
 
 
297 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  33.66 
 
 
309 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  33.66 
 
 
309 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  33.66 
 
 
309 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  33 
 
 
309 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.87 
 
 
316 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.39 
 
 
291 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>