More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0679 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  100 
 
 
290 aa  547  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  86.55 
 
 
290 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  71.38 
 
 
290 aa  398  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  70.34 
 
 
290 aa  384  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  61.38 
 
 
291 aa  331  7.000000000000001e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  60.21 
 
 
291 aa  296  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  52.41 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  50 
 
 
293 aa  268  8e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  48.43 
 
 
294 aa  259  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  48.6 
 
 
294 aa  251  1e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  47.4 
 
 
294 aa  248  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  48.62 
 
 
294 aa  247  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  47.75 
 
 
300 aa  241  7.999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  48.79 
 
 
299 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  52.1 
 
 
293 aa  240  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.13 
 
 
294 aa  238  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  48.95 
 
 
295 aa  233  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  51.03 
 
 
291 aa  231  9e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  47.7 
 
 
289 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  48.96 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  45.74 
 
 
295 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  44.64 
 
 
293 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  46.85 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  43.36 
 
 
291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  47.39 
 
 
293 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
291 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  40.27 
 
 
294 aa  186  6e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  39.38 
 
 
291 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  39.72 
 
 
287 aa  182  7e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  40.91 
 
 
291 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  42.07 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
291 aa  172  9e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
287 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  38.56 
 
 
319 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  37.21 
 
 
301 aa  169  7e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
299 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  38.33 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  39.93 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.46 
 
 
291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  37.17 
 
 
301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0611  inner-membrane translocator  39.02 
 
 
304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  35.67 
 
 
296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  40.83 
 
 
295 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  37.37 
 
 
302 aa  162  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  35.45 
 
 
298 aa  161  9e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
309 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  34.01 
 
 
293 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
291 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  35.88 
 
 
301 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  36.21 
 
 
301 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 
301 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
311 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
338 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  35.4 
 
 
291 aa  159  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
309 aa  158  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  39.38 
 
 
291 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  38.41 
 
 
290 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
309 aa  155  9e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  38.11 
 
 
335 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.93 
 
 
290 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
309 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.43 
 
 
289 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  36.03 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  34.02 
 
 
291 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  35.39 
 
 
309 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  37.07 
 
 
290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  35.41 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  33.22 
 
 
300 aa  151  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  35.39 
 
 
309 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  35.87 
 
 
316 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  36.96 
 
 
308 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
300 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
292 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  34.21 
 
 
302 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.18 
 
 
316 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3520  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
291 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
292 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.18 
 
 
316 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
311 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  34.11 
 
 
301 aa  148  8e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
290 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4485  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19585  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.96 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.29 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  34.71 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  33.86 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.86 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  34.71 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
308 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.63 
 
 
308 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2472  inner-membrane translocator  35.81 
 
 
310 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.63 
 
 
308 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.95 
 
 
291 aa  146  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
291 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  36.07 
 
 
308 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>