More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0693 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  100 
 
 
349 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  50 
 
 
950 aa  306  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  48.54 
 
 
345 aa  298  7e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  49.57 
 
 
345 aa  295  7e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  50.29 
 
 
351 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  49.85 
 
 
351 aa  293  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  50.44 
 
 
351 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  48.33 
 
 
351 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  50.58 
 
 
350 aa  293  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  46.57 
 
 
346 aa  293  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  50 
 
 
351 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  50 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  50 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  50 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 
351 aa  292  5e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  50.58 
 
 
351 aa  292  8e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50.58 
 
 
351 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  49.57 
 
 
350 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  49.72 
 
 
351 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  49.72 
 
 
351 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  47.13 
 
 
345 aa  288  8e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  46.38 
 
 
349 aa  287  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  48.12 
 
 
350 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 
397 aa  287  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  50.15 
 
 
951 aa  285  9e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  50.29 
 
 
350 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  50.29 
 
 
350 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  50.87 
 
 
351 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  50.87 
 
 
394 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  50.87 
 
 
394 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  47.06 
 
 
345 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  45.78 
 
 
360 aa  266  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  46.42 
 
 
342 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  46.18 
 
 
345 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  48.71 
 
 
342 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  43.55 
 
 
347 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  47.14 
 
 
345 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  42.65 
 
 
954 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.06 
 
 
357 aa  249  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  44.41 
 
 
345 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  45.1 
 
 
345 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  45.1 
 
 
346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  43.35 
 
 
346 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  48.28 
 
 
349 aa  243  5e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  44.67 
 
 
351 aa  235  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  42.35 
 
 
341 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  44.38 
 
 
346 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  42.25 
 
 
343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  41.94 
 
 
343 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  43.62 
 
 
351 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  30.48 
 
 
293 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  36.12 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  28.13 
 
 
294 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  34.69 
 
 
294 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  35.09 
 
 
286 aa  97.8  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  29.45 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  35.43 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  28.66 
 
 
294 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  27.69 
 
 
290 aa  96.7  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
317 aa  96.7  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  28.75 
 
 
295 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  28 
 
 
293 aa  95.9  9e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  32.72 
 
 
289 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  28.13 
 
 
291 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.26 
 
 
300 aa  92  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  27.51 
 
 
290 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  33.71 
 
 
290 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  27.19 
 
 
294 aa  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  40.85 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  26.92 
 
 
311 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  27.48 
 
 
294 aa  89.7  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  30.33 
 
 
294 aa  89.7  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  29.03 
 
 
302 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  38.69 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  28.22 
 
 
300 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
294 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  31.48 
 
 
303 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2031  inner-membrane translocator  30.69 
 
 
321 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  38.03 
 
 
302 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  31.1 
 
 
293 aa  87.4  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  29.91 
 
 
302 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  27.8 
 
 
300 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  39.42 
 
 
287 aa  87  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  27.16 
 
 
287 aa  86.7  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  31.33 
 
 
324 aa  86.3  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  42.15 
 
 
293 aa  85.9  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 
293 aa  85.9  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  31.74 
 
 
291 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  26.44 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  30.36 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  29.02 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.09 
 
 
299 aa  84.7  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  29.02 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  26.92 
 
 
311 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  31.34 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  29.02 
 
 
304 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  35.97 
 
 
294 aa  83.6  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  40.44 
 
 
290 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  29.46 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>