More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3952 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  100 
 
 
360 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  74.24 
 
 
342 aa  428  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  75.07 
 
 
342 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  54.55 
 
 
351 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  54.27 
 
 
351 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  58.47 
 
 
950 aa  334  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  52.07 
 
 
351 aa  332  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  55.68 
 
 
350 aa  332  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  57.85 
 
 
345 aa  332  5e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  56.63 
 
 
345 aa  330  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  50.96 
 
 
345 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  55.56 
 
 
350 aa  327  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  55.12 
 
 
346 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  52.91 
 
 
351 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  54.85 
 
 
350 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  52.63 
 
 
351 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  53.74 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  51.8 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  53.83 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  51.8 
 
 
351 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  53.53 
 
 
951 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  53.46 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  50.96 
 
 
349 aa  316  4e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.19 
 
 
397 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  50.28 
 
 
345 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
350 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  54.14 
 
 
350 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  51.25 
 
 
351 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  50.97 
 
 
394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  50.97 
 
 
394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  50.69 
 
 
346 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  55.12 
 
 
345 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  49.73 
 
 
346 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  46.32 
 
 
349 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  50.42 
 
 
341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  50.27 
 
 
346 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  50.42 
 
 
345 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  50.97 
 
 
345 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  46.32 
 
 
954 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  46.7 
 
 
347 aa  261  8.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  50.56 
 
 
351 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.96 
 
 
357 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.51 
 
 
351 aa  252  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  52.45 
 
 
349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  44.5 
 
 
343 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.04 
 
 
343 aa  224  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  42.4 
 
 
291 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  39.71 
 
 
291 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  31.48 
 
 
290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  37.38 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37.9 
 
 
290 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.81 
 
 
293 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  38.99 
 
 
291 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
294 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  35.35 
 
 
293 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  35.68 
 
 
294 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  35.27 
 
 
287 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  37.22 
 
 
291 aa  103  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  38.42 
 
 
295 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  36.32 
 
 
294 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
294 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  28.1 
 
 
302 aa  99.4  9e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.02 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  38.1 
 
 
290 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.42 
 
 
294 aa  97.4  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  36.95 
 
 
294 aa  96.3  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.68 
 
 
291 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.85 
 
 
294 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.45 
 
 
287 aa  95.1  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  35.65 
 
 
300 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  34.24 
 
 
294 aa  93.6  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
293 aa  93.6  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.26 
 
 
290 aa  93.2  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  29.67 
 
 
290 aa  92.8  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  30.66 
 
 
319 aa  92  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.89 
 
 
294 aa  92.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.89 
 
 
294 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
308 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  34.3 
 
 
298 aa  91.7  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  30.24 
 
 
300 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  31.42 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  30.35 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.16 
 
 
292 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  32.35 
 
 
300 aa  90.9  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  31.58 
 
 
307 aa  91.3  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  34.63 
 
 
299 aa  90.5  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  30.73 
 
 
304 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  30.73 
 
 
304 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.56 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.49 
 
 
308 aa  89.7  7e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  33.49 
 
 
289 aa  89.7  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  33.78 
 
 
302 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  31.34 
 
 
300 aa  89.4  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.49 
 
 
308 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.49 
 
 
308 aa  89  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>