More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3236 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  100 
 
 
349 aa  679    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  63.9 
 
 
350 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
351 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  59.89 
 
 
351 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  59.31 
 
 
351 aa  391  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  60.46 
 
 
351 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
351 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  62.32 
 
 
350 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  63.04 
 
 
350 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  59.14 
 
 
351 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
351 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
351 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
394 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  59.6 
 
 
394 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  60.17 
 
 
951 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
351 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  62.32 
 
 
350 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  62.32 
 
 
350 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.45 
 
 
397 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  58.43 
 
 
950 aa  351  1e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
345 aa  345  6e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  57.88 
 
 
345 aa  345  7e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  52.15 
 
 
345 aa  336  2.9999999999999997e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  52.56 
 
 
346 aa  336  3.9999999999999995e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  52.26 
 
 
345 aa  335  9e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  54.15 
 
 
345 aa  332  8e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  51.86 
 
 
346 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  51.42 
 
 
345 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  50.43 
 
 
346 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  49.86 
 
 
345 aa  299  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  51.58 
 
 
342 aa  296  5e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  50.69 
 
 
360 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  50.15 
 
 
341 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  52.81 
 
 
342 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  48.42 
 
 
954 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  46.38 
 
 
349 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  47.56 
 
 
347 aa  286  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  49.86 
 
 
345 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  50.43 
 
 
346 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.38 
 
 
357 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  46.57 
 
 
351 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  54.57 
 
 
349 aa  256  5e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  47.21 
 
 
351 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  43.45 
 
 
343 aa  223  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  36.79 
 
 
293 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  37.04 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  35.62 
 
 
290 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  28.79 
 
 
294 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.32 
 
 
290 aa  119  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
293 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  33.01 
 
 
294 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.47 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.44 
 
 
294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  34.19 
 
 
295 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  36.7 
 
 
290 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  28.71 
 
 
294 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  36.63 
 
 
291 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.64 
 
 
294 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.92 
 
 
287 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  34.87 
 
 
291 aa  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  31.08 
 
 
603 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  37 
 
 
294 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  30.18 
 
 
603 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  30.18 
 
 
603 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.64 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  31.25 
 
 
302 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  38.07 
 
 
290 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.73 
 
 
603 aa  96.7  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  30.5 
 
 
300 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.6 
 
 
287 aa  95.9  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  27.5 
 
 
299 aa  95.5  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  30.73 
 
 
603 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  33.66 
 
 
290 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  31 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  34.8 
 
 
293 aa  94.7  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
317 aa  94.7  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  31.08 
 
 
286 aa  95.1  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  26.49 
 
 
291 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  31.62 
 
 
304 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  27.58 
 
 
291 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  35.53 
 
 
294 aa  94  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  38.32 
 
 
293 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 
293 aa  93.2  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  30.5 
 
 
300 aa  93.2  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  31.62 
 
 
304 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  30.5 
 
 
300 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  27.88 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  26.2 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  30.69 
 
 
306 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  28.25 
 
 
291 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  34.86 
 
 
295 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  29.81 
 
 
302 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>