More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1229 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  100 
 
 
342 aa  652    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  74.52 
 
 
360 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  79.82 
 
 
342 aa  448  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  64.06 
 
 
345 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  61.29 
 
 
950 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57.43 
 
 
351 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  57.71 
 
 
351 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  59.43 
 
 
350 aa  363  2e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  60.86 
 
 
350 aa  362  4e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  55.71 
 
 
351 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  60.58 
 
 
345 aa  361  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  59.3 
 
 
951 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  55.43 
 
 
351 aa  351  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  59.43 
 
 
350 aa  350  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.14 
 
 
351 aa  347  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  55.33 
 
 
346 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  55.14 
 
 
351 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  55.14 
 
 
351 aa  345  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  345  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  53.47 
 
 
345 aa  345  8.999999999999999e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56 
 
 
351 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  55.71 
 
 
351 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  57.43 
 
 
350 aa  342  8e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  57.43 
 
 
350 aa  342  8e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  55.94 
 
 
345 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  53.18 
 
 
345 aa  339  5e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
397 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  55.14 
 
 
351 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  54.86 
 
 
394 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  54.86 
 
 
394 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  52.72 
 
 
349 aa  324  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
345 aa  311  9e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
345 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  53.76 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  53.03 
 
 
346 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  52.3 
 
 
346 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  46.42 
 
 
349 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  50 
 
 
954 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  52.72 
 
 
346 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  51.62 
 
 
341 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  48.55 
 
 
347 aa  275  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.61 
 
 
357 aa  268  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  54.78 
 
 
349 aa  259  4e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  48.72 
 
 
351 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  50.3 
 
 
351 aa  235  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  44.79 
 
 
343 aa  232  8.000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  44.73 
 
 
343 aa  229  6e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  34.16 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  33.13 
 
 
291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  31.46 
 
 
290 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  38.81 
 
 
293 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  31.37 
 
 
295 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  41.2 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  29.81 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  28.79 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  30.52 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  30.43 
 
 
300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  36.41 
 
 
294 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  31.17 
 
 
295 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  32.31 
 
 
291 aa  106  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  38.61 
 
 
294 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.9 
 
 
294 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  30.31 
 
 
290 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.12 
 
 
290 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
294 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.56 
 
 
293 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  28.47 
 
 
299 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  28.66 
 
 
287 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  29.35 
 
 
289 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  36.68 
 
 
298 aa  97.1  4e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  28.06 
 
 
291 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  37.56 
 
 
290 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  26.88 
 
 
292 aa  93.2  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  37.37 
 
 
293 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  25.39 
 
 
290 aa  93.2  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  35.41 
 
 
291 aa  92.4  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  26.16 
 
 
338 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  29.5 
 
 
293 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  28.57 
 
 
306 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  27.93 
 
 
291 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.55 
 
 
287 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  29.43 
 
 
291 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
291 aa  88.6  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  27.7 
 
 
302 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  25.15 
 
 
300 aa  87.4  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  24.72 
 
 
311 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  29.47 
 
 
291 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  26.43 
 
 
290 aa  87  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  34.48 
 
 
308 aa  86.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.24 
 
 
294 aa  86.7  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
317 aa  86.3  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.48 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.99 
 
 
319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.48 
 
 
308 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.57 
 
 
293 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>