More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1505 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  100 
 
 		 351 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  83.71 
 
 		 351 aa  498  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  59.2 
 
 		 347 aa  362  6e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  48.3 
 
 		 351 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.73 
 
 		 351 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  48.73 
 
 		 351 aa  295  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  49.29 
 
 		 351 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.01 
 
 		 351 aa  294  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 351 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  46.31 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  46.86 
 
 		 349 aa  293  3e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 350 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  44.07 
 
 		 345 aa  288  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  48.77 
 
 		 360 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  49.57 
 
 		 346 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  48.59 
 
 		 350 aa  286  4e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  49.71 
 
 		 345 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 351 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  47.44 
 
 		 350 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  48.71 
 
 		 346 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  48.3 
 
 		 351 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  49.58 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  46.82 
 
 		 345 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.86 
 
 		 397 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  46.97 
 
 		 346 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  50.72 
 
 		 345 aa  278  7e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  49.86 
 
 		 950 aa  276  4e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 350 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  48.72 
 
 		 350 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  46.84 
 
 		 951 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  47.66 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 345 aa  273  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  49.42 
 
 		 342 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  51.45 
 
 		 342 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  47.69 
 
 		 345 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  47.58 
 
 		 345 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  47.85 
 
 		 346 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  50.88 
 
 		 349 aa  249  7e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 345 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  41.95 
 
 		 954 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  41.74 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.51 
 
 		 357 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  41.5 
 
 		 343 aa  215  8e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 287 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  30 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 286 aa  96.3  8e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 311 aa  95.9  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  36.76 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 293 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 291 aa  94  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 295 aa  93.2  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  28.86 
 
 		 291 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  26.06 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 294 aa  89.4  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  30 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.65 
 
 		 294 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 300 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 287 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 290 aa  87  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  26.16 
 
 		 319 aa  86.7  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 300 aa  85.9  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2918  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 290 aa  85.9  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  27.33 
 
 		 291 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  27.93 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.65 
 
 		 299 aa  85.9  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  35.18 
 
 		 287 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  33.19 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  27.54 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.88 
 
 		 302 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.66 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  33.95 
 
 		 291 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 289 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 287 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  31.47 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>