More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4633 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  100 
 
 
345 aa  660    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  95.36 
 
 
345 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  56.23 
 
 
346 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  55.36 
 
 
346 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  50.43 
 
 
349 aa  328  9e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  55.07 
 
 
345 aa  326  4.0000000000000003e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  51.99 
 
 
351 aa  322  4e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  53.11 
 
 
350 aa  322  5e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  52 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  51.99 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  53.04 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  55.94 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  50.86 
 
 
351 aa  320  3e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  52.86 
 
 
350 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  51.71 
 
 
351 aa  318  7e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  54.2 
 
 
951 aa  318  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.29 
 
 
351 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  52.86 
 
 
350 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  51.45 
 
 
345 aa  316  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  51.43 
 
 
351 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  54.28 
 
 
341 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
350 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
350 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
342 aa  308  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  308  8e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  308  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  308  8e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  308  8e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  308  8e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52 
 
 
351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  52.46 
 
 
345 aa  306  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  52.94 
 
 
950 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
394 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
394 aa  305  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
351 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.29 
 
 
351 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  50.72 
 
 
346 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.71 
 
 
397 aa  301  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  55.65 
 
 
342 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  54.49 
 
 
345 aa  293  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  46.38 
 
 
345 aa  292  7e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  50.28 
 
 
360 aa  280  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  48.85 
 
 
347 aa  275  9e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  45.1 
 
 
349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.2 
 
 
357 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  44.25 
 
 
954 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  49.42 
 
 
349 aa  238  8e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  46.24 
 
 
351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.22 
 
 
343 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  47.32 
 
 
351 aa  222  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  43.58 
 
 
343 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  30.25 
 
 
293 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  30.45 
 
 
291 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  27.7 
 
 
294 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  31.34 
 
 
291 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  32.34 
 
 
294 aa  99  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  30.49 
 
 
291 aa  97.4  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.84 
 
 
294 aa  96.3  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  30.93 
 
 
302 aa  96.3  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  27.85 
 
 
294 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  31.36 
 
 
294 aa  94.4  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.49 
 
 
302 aa  94  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.49 
 
 
302 aa  94  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  29.71 
 
 
300 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  30.33 
 
 
290 aa  93.6  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  30.23 
 
 
291 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.48 
 
 
293 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  31.02 
 
 
294 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  30.7 
 
 
291 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.52 
 
 
290 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  29.73 
 
 
290 aa  92  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  30.9 
 
 
293 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.03 
 
 
319 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  29.41 
 
 
304 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  30.13 
 
 
300 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  30.5 
 
 
300 aa  90.5  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  28.06 
 
 
300 aa  89.7  7e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  26.97 
 
 
293 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  28.13 
 
 
295 aa  89.7  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  28.38 
 
 
305 aa  89.4  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.9 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  28.98 
 
 
304 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.9 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.9 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  29.13 
 
 
305 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  25 
 
 
290 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  36.45 
 
 
294 aa  88.2  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  29.13 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  31.38 
 
 
291 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  31.11 
 
 
303 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  37.13 
 
 
291 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  27.14 
 
 
290 aa  86.3  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.45 
 
 
308 aa  86.3  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.82 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  29.1 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  29.83 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
291 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  31.61 
 
 
299 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  33.66 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  27.96 
 
 
293 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>