More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2362 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  100 
 
 
291 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  44.1 
 
 
291 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  43.01 
 
 
291 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  45.14 
 
 
291 aa  216  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  41.26 
 
 
291 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  41.58 
 
 
294 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 
291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.37 
 
 
299 aa  186  4e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.83 
 
 
290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
290 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  35.88 
 
 
301 aa  178  7e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  36.6 
 
 
319 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
311 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  37.24 
 
 
291 aa  175  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.11 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  35.07 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.1 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  36.75 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  35.1 
 
 
308 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  37.24 
 
 
291 aa  172  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  34.77 
 
 
308 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.54 
 
 
301 aa  171  9e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  38.71 
 
 
295 aa  171  9e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  35.25 
 
 
294 aa  171  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.44 
 
 
308 aa  170  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  34.84 
 
 
290 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
290 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  37.33 
 
 
301 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  36.67 
 
 
301 aa  169  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  37.24 
 
 
291 aa  168  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.44 
 
 
308 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.44 
 
 
308 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.44 
 
 
308 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.64 
 
 
298 aa  168  1e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
291 aa  168  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.64 
 
 
298 aa  167  1e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.86 
 
 
316 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
291 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  36.11 
 
 
294 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.49 
 
 
316 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.54 
 
 
316 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
291 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  33.54 
 
 
316 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  33.54 
 
 
316 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.3 
 
 
298 aa  166  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.54 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.86 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  35.64 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  34.18 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.65 
 
 
290 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  34.84 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  35.69 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  34.29 
 
 
316 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  36.88 
 
 
301 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  32.65 
 
 
292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.43 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  34.82 
 
 
338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.77 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  34.03 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.43 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.43 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
290 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  36.81 
 
 
294 aa  162  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  33.97 
 
 
316 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  34.88 
 
 
300 aa  161  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  35.45 
 
 
308 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  35.74 
 
 
291 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  34.21 
 
 
308 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  34.3 
 
 
308 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.43 
 
 
308 aa  160  2e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  35.48 
 
 
311 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  35.22 
 
 
300 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 
302 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  36.09 
 
 
308 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  39.38 
 
 
290 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.14 
 
 
287 aa  159  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.44 
 
 
308 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  36.68 
 
 
293 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  31.51 
 
 
293 aa  159  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  37.62 
 
 
301 aa  159  5e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
290 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  40 
 
 
294 aa  159  7e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.3 
 
 
293 aa  158  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 
293 aa  158  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  34.14 
 
 
300 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
309 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  35.76 
 
 
603 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  37.06 
 
 
287 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>