More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2424 on replicon NC_008010
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  100 
 
 
349 aa  655    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  58.86 
 
 
351 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  58.86 
 
 
351 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  57.79 
 
 
350 aa  343  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57.95 
 
 
351 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  58.4 
 
 
351 aa  343  4e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  57.43 
 
 
351 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  58.24 
 
 
351 aa  341  9e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  55.4 
 
 
345 aa  341  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  57.43 
 
 
351 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  56.36 
 
 
346 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  59.88 
 
 
950 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  53.82 
 
 
345 aa  332  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  57.85 
 
 
345 aa  329  6e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  328  8e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  58.12 
 
 
351 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  59.31 
 
 
350 aa  326  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  326  3e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  58.17 
 
 
350 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  58.12 
 
 
394 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  58.12 
 
 
394 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.71 
 
 
397 aa  325  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.57 
 
 
351 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  54.57 
 
 
349 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  57.54 
 
 
350 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  55.56 
 
 
951 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  57.54 
 
 
350 aa  318  1e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  57.51 
 
 
345 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  57.68 
 
 
345 aa  311  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  48.83 
 
 
349 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  54.78 
 
 
342 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  51.88 
 
 
346 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  51.59 
 
 
346 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  55.81 
 
 
342 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  53.18 
 
 
345 aa  290  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.14 
 
 
347 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  53.13 
 
 
360 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  49.28 
 
 
345 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  50.73 
 
 
341 aa  275  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  47.8 
 
 
954 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  51.29 
 
 
346 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  48.73 
 
 
343 aa  270  4e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  48.99 
 
 
345 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  50.43 
 
 
351 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  47.18 
 
 
343 aa  253  3e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  51.66 
 
 
351 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.82 
 
 
357 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  38.07 
 
 
291 aa  125  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.95 
 
 
293 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  31.86 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  30.51 
 
 
291 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  31.17 
 
 
290 aa  116  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.46 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  35.24 
 
 
290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.42 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  38.65 
 
 
291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.29 
 
 
294 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  30.46 
 
 
300 aa  110  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  28.11 
 
 
294 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  37.02 
 
 
295 aa  109  9.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  33.06 
 
 
291 aa  106  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  37.27 
 
 
286 aa  106  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  28.3 
 
 
294 aa  106  6e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  33.03 
 
 
293 aa  106  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.17 
 
 
294 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  33.47 
 
 
291 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  32.87 
 
 
294 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  26.33 
 
 
302 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  35.96 
 
 
293 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  34.62 
 
 
291 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
290 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.12 
 
 
294 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  30.08 
 
 
300 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  32.68 
 
 
290 aa  99.8  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  35 
 
 
294 aa  99.8  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  30.42 
 
 
291 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  29.23 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  30.15 
 
 
306 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  29.25 
 
 
291 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  29.23 
 
 
308 aa  98.2  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.3 
 
 
287 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
293 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  31.9 
 
 
301 aa  97.4  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  29.66 
 
 
300 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  28.25 
 
 
299 aa  96.7  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  35.48 
 
 
290 aa  96.3  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  31.01 
 
 
307 aa  96.3  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  26.91 
 
 
298 aa  95.9  8e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  29.62 
 
 
308 aa  95.9  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  29.06 
 
 
290 aa  95.5  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  26.81 
 
 
302 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  36.68 
 
 
287 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  29.63 
 
 
289 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  27.97 
 
 
300 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  27.43 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.73 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>