More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1423 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 291 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  59.45 
 
 		 291 aa  321  7e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  58.08 
 
 		 294 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0449  inner-membrane translocator  49.12 
 
 		 288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  37.24 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  41.38 
 
 		 291 aa  193  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.54 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 291 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.86 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 287 aa  188  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 292 aa  185  9e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.76 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 287 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 297 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  39.64 
 
 		 287 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.45 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 297 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.96 
 
 		 297 aa  171  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.11 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  40.36 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 293 aa  169  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.11 
 
 		 319 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 289 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 297 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 290 aa  168  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 293 aa  168  9e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.44 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.03 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.77 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.77 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.65 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.43 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 292 aa  165  6.9999999999999995e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.74 
 
 		 289 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  37.46 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  35.31 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3520  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.56 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  35.05 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.32 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.32 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>