More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0776 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  100 
 
 		 345 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  95.36 
 
 		 345 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  56.52 
 
 		 346 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  53.49 
 
 		 345 aa  327  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  55.65 
 
 		 346 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  51.99 
 
 		 349 aa  325  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  52.31 
 
 		 345 aa  325  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  55.07 
 
 		 345 aa  318  6e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  52 
 
 		 351 aa  318  7e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  52.29 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 351 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  53.43 
 
 		 350 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  52.29 
 
 		 351 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.57 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  56.23 
 
 		 346 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  53.14 
 
 		 350 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.29 
 
 		 351 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  54.62 
 
 		 951 aa  316  5e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  52 
 
 		 351 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  54.57 
 
 		 341 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  52.86 
 
 		 350 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  52.86 
 
 		 350 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  53.14 
 
 		 350 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  51.27 
 
 		 346 aa  312  5.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  52.46 
 
 		 345 aa  306  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.57 
 
 		 351 aa  305  7e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  52.57 
 
 		 351 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  55.36 
 
 		 342 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  52.26 
 
 		 351 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  52.57 
 
 		 394 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  52.57 
 
 		 394 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.29 
 
 		 397 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  52.65 
 
 		 950 aa  301  8.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  55.65 
 
 		 342 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 345 aa  290  3e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  54.2 
 
 		 345 aa  287  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  49.31 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.72 
 
 		 347 aa  276  5e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 349 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.76 
 
 		 357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  43.48 
 
 		 954 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  50.58 
 
 		 349 aa  241  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  47.69 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.66 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  43.22 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  47.51 
 
 		 351 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.91 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  31.04 
 
 		 291 aa  99.8  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.84 
 
 		 294 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  27.96 
 
 		 291 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  27.91 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  28.27 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 294 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  27.03 
 
 		 293 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 291 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.5 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  28.2 
 
 		 300 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 293 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  29.21 
 
 		 299 aa  93.2  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  26.54 
 
 		 290 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 303 aa  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  30.18 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.19 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.19 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.19 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.59 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 293 aa  90.5  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.25 
 
 		 308 aa  89.7  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.38 
 
 		 308 aa  89.7  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  25.45 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 291 aa  89.4  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 293 aa  89.4  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  26.96 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  27.78 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  30.54 
 
 		 305 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.86 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  26.38 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  27.7 
 
 		 304 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.36 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4277  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 307 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9657  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>