More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5323 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  100 
 
 		 305 aa  597  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  91.8 
 
 		 304 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  91.8 
 
 		 305 aa  540  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  91.8 
 
 		 305 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  86.56 
 
 		 304 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4330  inner-membrane translocator  91.15 
 
 		 305 aa  527  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.06779  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2611  inner-membrane translocator  86.89 
 
 		 304 aa  527  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404951  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  74.11 
 
 		 309 aa  454  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  65.9 
 
 		 304 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5396  inner-membrane translocator  69.18 
 
 		 304 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.378795 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1747  inner-membrane translocator  71.24 
 
 		 306 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2249  inner-membrane translocator  70.26 
 
 		 305 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.749308 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5437  inner-membrane translocator  70.59 
 
 		 306 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.349252 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  66.78 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65.03 
 
 		 302 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  65.36 
 
 		 302 aa  400  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65.03 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  66.78 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  65.8 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  67.1 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3900  inner-membrane translocator  68.63 
 
 		 305 aa  393  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.37018 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0568  inner-membrane translocator  64.92 
 
 		 304 aa  385  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37559  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2081  inner-membrane translocator  65.36 
 
 		 305 aa  358  5e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  57.67 
 
 		 307 aa  352  7e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  55.08 
 
 		 303 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  56.11 
 
 		 304 aa  338  5.9999999999999996e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  54.3 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  53.47 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  53.97 
 
 		 304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  53.47 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  53.47 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  54.3 
 
 		 304 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  55.3 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  54.3 
 
 		 304 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  55.3 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  52.81 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  55.3 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  54.97 
 
 		 304 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  52.48 
 
 		 308 aa  321  8e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  52.81 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  53.77 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.77 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.77 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26120  ABC-transporter permease protein  55.96 
 
 		 304 aa  320  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000346731  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.44 
 
 		 319 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 308 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 319 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  51.82 
 
 		 308 aa  320  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 319 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  54.79 
 
 		 307 aa  319  5e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  53.77 
 
 		 308 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 308 aa  317  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.5 
 
 		 308 aa  316  3e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  54.55 
 
 		 308 aa  315  7e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3202  inner-membrane translocator  52.29 
 
 		 338 aa  314  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.412227 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 308 aa  311  9e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  54.13 
 
 		 308 aa  308  8e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5637  branched chain amino acid ABC transporter permease  54.64 
 
 		 304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 308 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  53.47 
 
 		 308 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  53.31 
 
 		 308 aa  302  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1140  inner-membrane translocator  52.15 
 
 		 307 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4277  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1157  inner-membrane translocator  52.15 
 
 		 307 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.197851  normal  0.0247648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1174  inner-membrane translocator  52.15 
 
 		 307 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1247  inner-membrane translocator  54.28 
 
 		 307 aa  295  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3875  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1386  inner-membrane translocator  52.81 
 
 		 307 aa  289  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.738637  normal  0.190253 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  50.17 
 
 		 308 aa  289  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4304  branched-chain amino acid transport protein BraD  53.95 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50530  branched-chain amino acid transport protein BraD  53.95 
 
 		 307 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0142776 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3860  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  50.17 
 
 		 308 aa  286  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0932593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4109  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.16 
 
 		 307 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.180327  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3846  inner-membrane translocator  50.83 
 
 		 307 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.221591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19640  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, permease component  54.61 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0105896  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  48.37 
 
 		 302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  47.08 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  46.41 
 
 		 292 aa  259  4e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  46.25 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  46.54 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  46.56 
 
 		 316 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  46.25 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  46.25 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  46.25 
 
 		 316 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  47.28 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>