More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4796 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  100 
 
 
290 aa  555  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  65.86 
 
 
290 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  70.34 
 
 
290 aa  360  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  68.28 
 
 
290 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  62.41 
 
 
291 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  62.63 
 
 
291 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  49.31 
 
 
293 aa  277  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  48.97 
 
 
294 aa  275  4e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  47.08 
 
 
294 aa  266  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  48.11 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  47.42 
 
 
294 aa  253  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  45.52 
 
 
294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  47.93 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.93 
 
 
294 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  46.55 
 
 
295 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  45.52 
 
 
299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  47.75 
 
 
289 aa  231  9e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  47.9 
 
 
293 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  47.06 
 
 
293 aa  228  6e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  45.02 
 
 
291 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  41.9 
 
 
295 aa  207  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  43.94 
 
 
294 aa  203  3e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  45.07 
 
 
317 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  39.35 
 
 
311 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  43.69 
 
 
295 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  38.36 
 
 
293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  36.08 
 
 
291 aa  182  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  41.52 
 
 
293 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  37.71 
 
 
302 aa  181  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
291 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  39.03 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  38.97 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
338 aa  179  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
291 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  37.25 
 
 
319 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  38.44 
 
 
290 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  37.62 
 
 
308 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.33 
 
 
308 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  40.21 
 
 
287 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.28 
 
 
316 aa  175  8e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  36.61 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.62 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  38.62 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.28 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  38 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  38 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  38 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  38 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  38 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.96 
 
 
316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  35.96 
 
 
316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
316 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  35.87 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
309 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
294 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 
308 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.33 
 
 
308 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 
308 aa  171  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  37.01 
 
 
309 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  38.03 
 
 
308 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  39.37 
 
 
290 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.56 
 
 
316 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  34.71 
 
 
291 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  35.37 
 
 
292 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35.67 
 
 
300 aa  169  6e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  35.56 
 
 
316 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
299 aa  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  37.33 
 
 
291 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 
293 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  39.34 
 
 
308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  35.25 
 
 
302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  36.94 
 
 
311 aa  166  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  37.93 
 
 
291 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  35.24 
 
 
316 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  34.63 
 
 
309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.88 
 
 
294 aa  165  9e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.88 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.27 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  35.88 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  35.02 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  35.62 
 
 
335 aa  163  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  35.71 
 
 
309 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
311 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  38.49 
 
 
291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  35.59 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  34.92 
 
 
317 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
311 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
291 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.19 
 
 
316 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
309 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  35.87 
 
 
316 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  34.74 
 
 
309 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>