More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0268 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  100 
 
 		 345 aa  667    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  79.19 
 
 		 346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  72.46 
 
 		 345 aa  443  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  61.16 
 
 		 345 aa  362  6e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  56.57 
 
 		 351 aa  361  9e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  57.43 
 
 		 351 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 351 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  56.57 
 
 		 351 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  60.29 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  58.57 
 
 		 350 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  55.59 
 
 		 351 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  56.16 
 
 		 351 aa  349  4e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.43 
 
 		 351 aa  348  8e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.59 
 
 		 351 aa  348  9e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  55.87 
 
 		 351 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.71 
 
 		 397 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  59.71 
 
 		 350 aa  346  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  54 
 
 		 351 aa  346  4e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  59.03 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  59.03 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  57.51 
 
 		 950 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  58.26 
 
 		 345 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  55.71 
 
 		 394 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  55.71 
 
 		 351 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  55.71 
 
 		 394 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 349 aa  335  9e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  56.65 
 
 		 951 aa  330  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  50.43 
 
 		 345 aa  325  5e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  54.31 
 
 		 346 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  56.68 
 
 		 341 aa  322  9.000000000000001e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  53.74 
 
 		 346 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  57.1 
 
 		 342 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  53.6 
 
 		 342 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  49.33 
 
 		 360 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  54.2 
 
 		 345 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  50.57 
 
 		 954 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  48.54 
 
 		 349 aa  298  7e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  48.43 
 
 		 357 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  53.04 
 
 		 346 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  52.31 
 
 		 345 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  51.16 
 
 		 345 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  47.25 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  54.6 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  45.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  45.74 
 
 		 351 aa  243  3.9999999999999997e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  45.63 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 351 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  30.21 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.33 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 291 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  30.89 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  28.98 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  28.93 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.83 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 287 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 294 aa  99.8  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 291 aa  99.4  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 295 aa  96.7  5e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.03 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 293 aa  96.7  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  26.84 
 
 		 302 aa  95.9  9e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  26.35 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 287 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  27.14 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 307 aa  95.1  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 290 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  27.76 
 
 		 295 aa  94  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.62 
 
 		 308 aa  93.2  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  27.22 
 
 		 306 aa  92.8  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1212  inner-membrane translocator  31.98 
 
 		 316 aa  92.8  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273488  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  26.75 
 
 		 291 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  27.76 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  27.15 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  28.24 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  27.74 
 
 		 291 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0466  inner-membrane translocator  27.87 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0964978  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 286 aa  90.9  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 287 aa  90.5  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  25.74 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>