More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1995 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1995  inner-membrane translocator  100 
 
 		 346 aa  660    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3571  inner-membrane translocator  90.75 
 
 		 346 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16314 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1892  inner-membrane translocator  89.88 
 
 		 346 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.322186  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7085  ABC transporter, permease protein  76.25 
 
 		 341 aa  484  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5328  inner-membrane translocator  61.45 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0654205  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0990  inner-membrane translocator  55.36 
 
 		 345 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0268  inner-membrane translocator  54.31 
 
 		 345 aa  340  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.314887  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2942  inner-membrane translocator  58.55 
 
 		 345 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3908  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 351 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0776  inner-membrane translocator  56.52 
 
 		 345 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.300879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0801  inner-membrane translocator  52.6 
 
 		 346 aa  323  2e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3363  inner-membrane translocator  54.57 
 
 		 350 aa  322  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102738  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3042  inner-membrane translocator  52.42 
 
 		 351 aa  322  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0025  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.99 
 
 		 351 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.746489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3512  inner-membrane translocator  55.14 
 
 		 350 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0408964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0090  inner-membrane translocator  54.13 
 
 		 351 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0081  inner-membrane translocator  54.11 
 
 		 351 aa  316  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.274242  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3985  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  54.86 
 
 		 351 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4059  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0091  inner-membrane translocator  54.13 
 
 		 351 aa  316  5e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3370  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3000  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.403467  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2941  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3236  inner-membrane translocator  50.43 
 
 		 349 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0230482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1602  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0193  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.29 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107939  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4633  inner-membrane translocator  56.23 
 
 		 345 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3272  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.56 
 
 		 351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.137738 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3323  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  55.56 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01744  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  53.54 
 
 		 350 aa  309  5e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.698868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1821  inner-membrane translocator  48.41 
 
 		 345 aa  305  5.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.683409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  55.33 
 
 		 950 aa  305  9.000000000000001e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0107  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 351 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.790851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1518  inner-membrane translocator  53.62 
 
 		 345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2965  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.235343  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0090  inner-membrane translocator  53.56 
 
 		 394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823802  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4526  inner-membrane translocator  54.99 
 
 		 350 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.141329  normal  0.558956 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4658  inner-membrane translocator  54.99 
 
 		 350 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.14788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1229  inner-membrane translocator  51.88 
 
 		 342 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0908  inner-membrane translocator:ABC transporter related  52.17 
 
 		 951 aa  296  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0412388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0573  inner-membrane translocator  54.47 
 
 		 342 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.4403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3952  inner-membrane translocator  50.69 
 
 		 360 aa  287  2e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  45.09 
 
 		 954 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3249  branched chain amino acid ABC transporter permease  46.53 
 
 		 347 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.174248  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0693  inner-membrane translocator  43.35 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2424  inner-membrane translocator  51.88 
 
 		 349 aa  252  8.000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.69608  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0996  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.69 
 
 		 357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.883581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1505  inner-membrane translocator  48.82 
 
 		 351 aa  245  9e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2317  inner-membrane translocator  46.09 
 
 		 343 aa  237  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1327  inner-membrane translocator  45.92 
 
 		 343 aa  235  9e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.492198  normal  0.0368007 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2875  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.781578  normal  0.470002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 291 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  28.27 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  40.38 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  40 
 
 		 291 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37 
 
 		 290 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 291 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  28.35 
 
 		 302 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.45 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 302 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 289 aa  102  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  30.81 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  31.28 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  29.61 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 293 aa  99.4  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  25.91 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  28.61 
 
 		 302 aa  97.4  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 290 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  26.18 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  29.54 
 
 		 290 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29 
 
 		 319 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  31.98 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  25.51 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  27.84 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  28.7 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  27.16 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  29 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  29 
 
 		 308 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>