More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2188 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  100 
 
 
294 aa  570  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  97.28 
 
 
294 aa  531  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  76.87 
 
 
294 aa  441  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  73.81 
 
 
294 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  70.07 
 
 
294 aa  404  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  72.85 
 
 
299 aa  401  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.77 
 
 
294 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  56.64 
 
 
293 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  53.08 
 
 
291 aa  292  4e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  51.03 
 
 
290 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  52.76 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  47.08 
 
 
290 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  51.37 
 
 
291 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  51.39 
 
 
293 aa  258  9e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  48.97 
 
 
291 aa  257  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  47.72 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  45.21 
 
 
295 aa  251  1e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  49.48 
 
 
290 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  48.6 
 
 
289 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  48.08 
 
 
317 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  48.43 
 
 
290 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  43.58 
 
 
293 aa  232  5e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  44.9 
 
 
294 aa  218  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3821  inner-membrane translocator  46.6 
 
 
293 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000974122  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  37.59 
 
 
291 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  36.9 
 
 
291 aa  192  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  38.89 
 
 
291 aa  187  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  37.41 
 
 
294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  36.84 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  37.87 
 
 
319 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  38.25 
 
 
291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  36.75 
 
 
292 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  35.19 
 
 
291 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  38.19 
 
 
291 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  35.86 
 
 
291 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  37.74 
 
 
317 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  34.84 
 
 
291 aa  175  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.81 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  36.48 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  37.14 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35.64 
 
 
300 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.16 
 
 
316 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.31 
 
 
291 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  37.68 
 
 
291 aa  171  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.16 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  35.9 
 
 
308 aa  169  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.84 
 
 
316 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  35.81 
 
 
293 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  34.64 
 
 
309 aa  170  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  34.84 
 
 
316 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.83 
 
 
319 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  34.64 
 
 
309 aa  170  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  35.9 
 
 
308 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
308 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.84 
 
 
316 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.84 
 
 
316 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
319 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
308 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
319 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  35.83 
 
 
308 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  36.97 
 
 
289 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4061  inner-membrane translocator  37.33 
 
 
291 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.11 
 
 
291 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  35.08 
 
 
311 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  34.65 
 
 
309 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  34.54 
 
 
309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  34.64 
 
 
309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  35.16 
 
 
316 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.52 
 
 
316 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.8 
 
 
289 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.34 
 
 
293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  36.04 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  35.27 
 
 
292 aa  165  9e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  36.18 
 
 
291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  36.43 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  34.21 
 
 
309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  34.52 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  34.65 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  35.48 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  33.98 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  32.19 
 
 
297 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  36.54 
 
 
308 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.49 
 
 
291 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  34.59 
 
 
302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.98 
 
 
316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  34.15 
 
 
291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
287 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  35.55 
 
 
335 aa  162  7e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  35.67 
 
 
302 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>