More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3687 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  82.47 
 
 		 291 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  83.16 
 
 		 291 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.52 
 
 		 291 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 294 aa  187  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 290 aa  178  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 291 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 291 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1680  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.57 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  35.83 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.47 
 
 		 291 aa  155  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  34.55 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.99 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.48 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.99 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.99 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 290 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.33 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.84 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.07 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.07 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.2 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.32 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.77 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.87 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.87 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.87 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.77 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.62 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.11 
 
 		 308 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5396  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.378795 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0385  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.45 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.99 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  32.34 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.66 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>