More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1003 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  80.69 
 
 		 290 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  58.22 
 
 		 292 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  60.96 
 
 		 292 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1742  inner-membrane translocator  60.62 
 
 		 292 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0350501  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0350  inner-membrane translocator  57.53 
 
 		 292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.018915  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3557  inner-membrane translocator  59.59 
 
 		 292 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.258255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 292 aa  235  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  40.61 
 
 		 292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1781  ABC transporter permease  39.31 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0603975  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.02 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0430  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 293 aa  182  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0151823  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  32 
 
 		 297 aa  148  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4592  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 283 aa  142  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.67 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  31.54 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.78 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  32 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.99 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 294 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.35 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 309 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 291 aa  125  6e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 290 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.12 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  31.12 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.7 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  27.7 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.41 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 309 aa  122  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 309 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  30.69 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  30.42 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  30.42 
 
 		 338 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.76 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0669  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  28.04 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.76 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.65 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.41 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3583  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.63 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  27.3 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>