More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3135 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  100 
 
 		 297 aa  586  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  92.93 
 
 		 297 aa  551  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.54 
 
 		 297 aa  528  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  86.87 
 
 		 297 aa  528  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  75.08 
 
 		 297 aa  461  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  72.73 
 
 		 297 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 297 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  69.02 
 
 		 297 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  67.68 
 
 		 301 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  67.68 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  67 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  66.33 
 
 		 297 aa  381  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  65.99 
 
 		 297 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  66.78 
 
 		 297 aa  364  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  50 
 
 		 295 aa  296  3e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  45.61 
 
 		 293 aa  216  5e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  44.18 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  44.93 
 
 		 293 aa  211  9e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.01 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.67 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  44.07 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 291 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.12 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.67 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.83 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  33.64 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  29.35 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  32.99 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 290 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.82 
 
 		 290 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.29 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.04 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.04 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.76 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.31 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  29.83 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.39 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.61 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  30.65 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  34.16 
 
 		 329 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 298 aa  142  8e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>