More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2768 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 293 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  99.66 
 
 		 293 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  87.71 
 
 		 293 aa  490  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  87.03 
 
 		 293 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  88.74 
 
 		 293 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  73.72 
 
 		 293 aa  414  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  73.72 
 
 		 293 aa  414  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  73.72 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.97 
 
 		 293 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  75.09 
 
 		 293 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.51 
 
 		 296 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  71.67 
 
 		 297 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  74.4 
 
 		 293 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  75.77 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  68.6 
 
 		 293 aa  393  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  71.82 
 
 		 299 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  63.49 
 
 		 304 aa  342  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  61.84 
 
 		 304 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  61.18 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  57.74 
 
 		 309 aa  328  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 309 aa  325  8.000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  60.86 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  56.13 
 
 		 309 aa  302  5.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 328 aa  301  7.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  53.68 
 
 		 326 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  56.13 
 
 		 309 aa  299  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.1 
 
 		 310 aa  299  5e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  58.58 
 
 		 309 aa  295  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  54.18 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  52.63 
 
 		 329 aa  292  5e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  53.4 
 
 		 309 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.92 
 
 		 329 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  53.92 
 
 		 329 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  52.48 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  55.48 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  57.42 
 
 		 309 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  57.84 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  46.42 
 
 		 292 aa  189  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.37 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.37 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  43 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.14 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.79 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 291 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.01 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 302 aa  145  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  41.36 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 292 aa  135  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.25 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  33.11 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.29 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  28.25 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.06 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  40 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  29.41 
 
 		 335 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 319 aa  128  9.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  28.25 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  35.05 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>