More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4940 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  564  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  81.79 
 
 		 291 aa  454  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  74.23 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 290 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0449  inner-membrane translocator  51.21 
 
 		 288 aa  223  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  35.37 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  41.64 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 297 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.27 
 
 		 297 aa  175  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  36.64 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 291 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.84 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.26 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.95 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.31 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.4 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 290 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.56 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.68 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  35.43 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.97 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  31.97 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  34.02 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  36.59 
 
 		 287 aa  152  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 290 aa  152  7e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.58 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.56 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3836  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.45 
 
 		 292 aa  150  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.56 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 293 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 293 aa  146  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1733  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.18 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.293981  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  34.47 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 296 aa  145  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1683  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00416283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>