More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2545 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 293 aa  559  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  78.84 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  78.16 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  78.16 
 
 		 293 aa  450  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  73.38 
 
 		 293 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.62 
 
 		 293 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  72.01 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  68.94 
 
 		 293 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  66.55 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  70.31 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  68.6 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  69.97 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  71.67 
 
 		 293 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  63.82 
 
 		 297 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  63.36 
 
 		 296 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  61.18 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  60.59 
 
 		 304 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  60 
 
 		 304 aa  330  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  61.51 
 
 		 299 aa  330  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  59.61 
 
 		 304 aa  319  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  53.23 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  53.55 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  53.87 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  54.52 
 
 		 309 aa  289  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.52 
 
 		 309 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  52.58 
 
 		 309 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  51.78 
 
 		 309 aa  280  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  49.85 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  50.93 
 
 		 329 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  49.84 
 
 		 326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  51.78 
 
 		 310 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  54.52 
 
 		 309 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  46.75 
 
 		 328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  53.53 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.69 
 
 		 329 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  49.69 
 
 		 329 aa  267  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  46.27 
 
 		 328 aa  262  6e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  53.62 
 
 		 315 aa  259  3e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 294 aa  169  7e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.69 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  32.77 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 290 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.11 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 603 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  25.97 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  29.53 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  26.95 
 
 		 338 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.23 
 
 		 289 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  26.95 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  26.95 
 
 		 309 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.94 
 
 		 335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  29.25 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 603 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 603 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  25.97 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.68 
 
 		 603 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  25.91 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  26.14 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  27.81 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.59 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  30.95 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>