More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0216 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  100 
 
 		 304 aa  585  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  94.74 
 
 		 304 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  85.2 
 
 		 304 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  81.25 
 
 		 304 aa  479  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  62.83 
 
 		 293 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.59 
 
 		 293 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  61.84 
 
 		 293 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  63.82 
 
 		 293 aa  342  5e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  58.99 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  59.62 
 
 		 309 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  61.18 
 
 		 293 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  61.18 
 
 		 293 aa  328  7e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.1 
 
 		 296 aa  319  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  57.57 
 
 		 293 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  57.24 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  57.57 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  57.57 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  54.93 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  60.2 
 
 		 293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  52.55 
 
 		 326 aa  311  6.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  59.87 
 
 		 293 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  59.62 
 
 		 309 aa  311  9e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  60.86 
 
 		 293 aa  309  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  59.31 
 
 		 309 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  52.87 
 
 		 329 aa  308  6.999999999999999e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  57.28 
 
 		 309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  56.78 
 
 		 309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  58.94 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  56.15 
 
 		 309 aa  305  6e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  58.54 
 
 		 310 aa  305  7e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 328 aa  305  7e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  61.56 
 
 		 309 aa  305  8.000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  52.89 
 
 		 329 aa  298  8e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  58.99 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  60.57 
 
 		 309 aa  292  5e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  51.68 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  51.68 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  51.66 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  56.91 
 
 		 315 aa  275  9e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  42.38 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  36.21 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.08 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.08 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 291 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  39.14 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  39.48 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  33.88 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 286 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  29.71 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.25 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  27.36 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  27.36 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.25 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.93 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.25 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.25 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  27.67 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.56 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.56 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.19 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.91 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  28.93 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>