More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3004 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  100 
 
 		 293 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  99.32 
 
 		 293 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  89.42 
 
 		 293 aa  484  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  76.11 
 
 		 293 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  74.4 
 
 		 293 aa  418  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  76.11 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  68.6 
 
 		 293 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.7 
 
 		 293 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  74.4 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  74.4 
 
 		 293 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  69.28 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  69.28 
 
 		 293 aa  386  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  69.28 
 
 		 293 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  64.38 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  64.51 
 
 		 297 aa  349  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  64.6 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  60.53 
 
 		 304 aa  319  3e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  60.78 
 
 		 304 aa  318  7e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  54.69 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  57.28 
 
 		 309 aa  314  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  59.87 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  59.21 
 
 		 304 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  54.69 
 
 		 309 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  55.02 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  55.16 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.69 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.99 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  50 
 
 		 328 aa  290  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  57.28 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  53.07 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  56.96 
 
 		 309 aa  281  8.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  52.8 
 
 		 329 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  50.15 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  55.02 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  51.1 
 
 		 326 aa  275  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  55.19 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  48.76 
 
 		 328 aa  268  8e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  52.19 
 
 		 329 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  52.19 
 
 		 329 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  43 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.73 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 297 aa  161  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.01 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  34.34 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 290 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 291 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  33 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  39.6 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.34 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  29.74 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 338 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 603 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 603 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 603 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 603 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.93 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.42 
 
 		 603 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 309 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.07 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>