More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23000 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  100 
 
 		 292 aa  551  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1781  ABC transporter permease  52.05 
 
 		 287 aa  276  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0603975  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4592  inner-membrane translocator  50.34 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  43 
 
 		 290 aa  219  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  40.61 
 
 		 290 aa  211  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  40.54 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  41.89 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0350  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.018915  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1742  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 292 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0350501  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3557  inner-membrane translocator  40.88 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.258255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.91 
 
 		 290 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 290 aa  152  8.999999999999999e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.33 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 290 aa  145  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  32.45 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  33 
 
 		 295 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0430  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0151823  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  33 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  33 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  33 
 
 		 297 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  33.44 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.57 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.97 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.9 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.9 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.97 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.4 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  29.8 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.11 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  29.1 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  122  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  28 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 338 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 652 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  29.28 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.19 
 
 		 319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  31.27 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.52 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 319 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 291 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>