More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3836 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3836  inner-membrane translocator  100 
 
 		 289 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  74.05 
 
 		 289 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  63.32 
 
 		 289 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  60.9 
 
 		 289 aa  334  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5339  inner-membrane translocator  63.32 
 
 		 289 aa  332  4e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4852  inner-membrane translocator  62.98 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1967  inner-membrane translocator  61.94 
 
 		 289 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.207347  normal  0.0517862 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 291 aa  193  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4061  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0914  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3707  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.89 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.229916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0356  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1837  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 296 aa  162  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000968352  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1797  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160989 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0298  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1163  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 309 aa  156  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3520  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0611  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 291 aa  155  9e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.63 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2180  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.61 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.12 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 603 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 603 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.79 
 
 		 603 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 603 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 603 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 291 aa  148  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.83 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 338 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1683  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00416283  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  33.9 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.88 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1698  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 292 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0299512  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0290  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1769  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.125196  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  35.61 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  33 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  34.44 
 
 		 309 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0479  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 291 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.62 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.3 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.11 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.29 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.29 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  31.29 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.79 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 291 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.29 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.89 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.11 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>