More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5147 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  100 
 
 		 299 aa  566  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  81.36 
 
 		 296 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  74.15 
 
 		 297 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.51 
 
 		 293 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  72.16 
 
 		 293 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  72.85 
 
 		 293 aa  391  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  71.82 
 
 		 293 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  71.82 
 
 		 293 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  63.92 
 
 		 293 aa  363  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  63.57 
 
 		 293 aa  362  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  63.57 
 
 		 293 aa  362  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  62.41 
 
 		 293 aa  353  2.9999999999999997e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  66.32 
 
 		 293 aa  350  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  61.51 
 
 		 293 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  64.6 
 
 		 293 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  64.6 
 
 		 293 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  60.07 
 
 		 304 aa  321  9.999999999999999e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  58.94 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  60.73 
 
 		 304 aa  315  5e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  59.6 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  53.09 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  51.79 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  51.23 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  50.46 
 
 		 328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 326 aa  279  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  51.47 
 
 		 309 aa  279  4e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  49.85 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  50.46 
 
 		 329 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  50.16 
 
 		 309 aa  267  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  51.47 
 
 		 309 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  51.79 
 
 		 309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 309 aa  265  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50.16 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  50.16 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  50.16 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  54.72 
 
 		 309 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  51.45 
 
 		 309 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  50.32 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  50.95 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  43.69 
 
 		 292 aa  171  9e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  33.79 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.91 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  40.6 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  34 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 291 aa  146  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 296 aa  145  9e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  40 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 291 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.08 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  33.45 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.9 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  28.3 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  27.72 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  29.76 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  28.29 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.43 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.88 
 
 		 316 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2378  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  27.56 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.56 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.24 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  27.56 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  28.43 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  28.66 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  27.39 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>