More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0115 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  100 
 
 		 328 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  83.59 
 
 		 329 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  84.15 
 
 		 328 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  79.57 
 
 		 329 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  79.69 
 
 		 326 aa  505  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  78.05 
 
 		 329 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  78.05 
 
 		 329 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  54.97 
 
 		 309 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  54.97 
 
 		 309 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  55.08 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  55.9 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  55.9 
 
 		 309 aa  305  9.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  54.35 
 
 		 309 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.35 
 
 		 309 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  52.28 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.28 
 
 		 310 aa  298  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.24 
 
 		 293 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  52.71 
 
 		 304 aa  294  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  51.82 
 
 		 304 aa  292  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 293 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  51.55 
 
 		 293 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  56.83 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  51.55 
 
 		 293 aa  285  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  51.2 
 
 		 304 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  48.44 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  54.97 
 
 		 309 aa  282  5.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  50.31 
 
 		 293 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  48.76 
 
 		 293 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  50 
 
 		 293 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.07 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 293 aa  275  6e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 293 aa  275  6e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  48.78 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.75 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  47.84 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  50.46 
 
 		 299 aa  267  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  51.21 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  32.92 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  30.31 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.31 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.35 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  28.35 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.35 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.05 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.05 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 291 aa  119  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.77 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.79 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  31.09 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  28.79 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  28.79 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  28.79 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  27.44 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.69 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.31 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.24 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  28 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  26.52 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  27.25 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  27.16 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>