More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7157 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  100 
 
 		 293 aa  557  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  76.45 
 
 		 293 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  76.11 
 
 		 293 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  76.79 
 
 		 293 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 293 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  70.31 
 
 		 293 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.55 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.24 
 
 		 293 aa  381  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  66.21 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  67.24 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  66.21 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  68.6 
 
 		 293 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  68.94 
 
 		 293 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.93 
 
 		 296 aa  341  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  60.41 
 
 		 297 aa  335  7e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  62.41 
 
 		 299 aa  331  8e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  57.57 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  58.03 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  53.23 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  54.93 
 
 		 304 aa  308  9e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  53.72 
 
 		 309 aa  307  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  55.16 
 
 		 309 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  54.93 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  54.84 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  52.75 
 
 		 309 aa  291  7e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  50.49 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  52.43 
 
 		 309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  52.9 
 
 		 310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  48.44 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  55.81 
 
 		 309 aa  278  9e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  48.91 
 
 		 329 aa  276  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  54.05 
 
 		 309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  52.58 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  49.84 
 
 		 326 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  50 
 
 		 329 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  48.6 
 
 		 328 aa  269  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  49.69 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.69 
 
 		 329 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  51.63 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  43.15 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 295 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.58 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  30.98 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 291 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.63 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.32 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0686  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.215766  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  31.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.69 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 291 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  30 
 
 		 292 aa  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  29.93 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 603 aa  125  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 290 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3583  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 603 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 603 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.85 
 
 		 603 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  25.82 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.42 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 603 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 291 aa  123  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  29.15 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2359  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.538804 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  28.1 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0734  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.993171  normal  0.748996 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>