More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3557 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3557  inner-membrane translocator  100 
 
 		 292 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.258255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  92.81 
 
 		 292 aa  530  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1742  inner-membrane translocator  96.92 
 
 		 292 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0350501  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  88.01 
 
 		 292 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0350  inner-membrane translocator  83.22 
 
 		 292 aa  467  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.018915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  59.59 
 
 		 290 aa  338  9e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  57.53 
 
 		 290 aa  328  8e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.24 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  40.88 
 
 		 292 aa  188  9e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1781  ABC transporter permease  39.93 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0603975  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0430  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 293 aa  169  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0151823  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 292 aa  155  7e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 291 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3583  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4592  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 283 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 338 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.41 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.08 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.67 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  30.23 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.67 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  33 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  31 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  29.93 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  32.24 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  32.77 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.09 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  30.19 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.02 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  29.81 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.72 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  33 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.38 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.8 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>