More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3394 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 291 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  86.6 
 
 		 291 aa  454  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  86.25 
 
 		 291 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  67.46 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  65.53 
 
 		 291 aa  369  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  63.1 
 
 		 293 aa  346  3e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.06 
 
 		 293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  55.52 
 
 		 292 aa  319  3.9999999999999996e-86  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  54.14 
 
 		 292 aa  311  1e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.39 
 
 		 289 aa  302  4.0000000000000003e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  55.52 
 
 		 294 aa  301  1e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  56.01 
 
 		 293 aa  297  2e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  50 
 
 		 300 aa  280  3e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  52.38 
 
 		 302 aa  280  3e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  54.58 
 
 		 294 aa  276  3e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  55.17 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 301 aa  272  5.000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  50 
 
 		 297 aa  271  8.000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  51.67 
 
 		 304 aa  269  2.9999999999999997e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  47.32 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  48.66 
 
 		 301 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.96 
 
 		 301 aa  268  8.999999999999999e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  51.89 
 
 		 290 aa  266  4e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  47.99 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  52.26 
 
 		 287 aa  263  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  45.89 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  49.67 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.89 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.89 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  46.52 
 
 		 316 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  45.89 
 
 		 316 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.89 
 
 		 316 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  49.35 
 
 		 308 aa  260  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  49.35 
 
 		 308 aa  260  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  48.69 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  48.69 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.25 
 
 		 316 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.39 
 
 		 308 aa  255  6e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  49.16 
 
 		 302 aa  254  8e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  48.04 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  48.17 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1675  inner-membrane translocator  51.69 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.644536  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 319 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  48.69 
 
 		 308 aa  252  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 319 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  48.17 
 
 		 319 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  46.38 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  48.17 
 
 		 308 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 		 308 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  46.58 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.84 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.17 
 
 		 308 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  47.23 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  44.98 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  45.43 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  47.49 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  44.05 
 
 		 311 aa  248  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  47.64 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.48 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  45.87 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  45.95 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 309 aa  245  6.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  47.6 
 
 		 297 aa  244  8e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  45.85 
 
 		 303 aa  244  9e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3875  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1066  inner-membrane translocator  47.67 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00641991  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  44.66 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3336  inner-membrane translocator  48.18 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  44.66 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1609  inner-membrane translocator  53.02 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>