More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1943 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  100 
 
 		 291 aa  557  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  98.97 
 
 		 291 aa  554  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  86.6 
 
 		 291 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.58 
 
 		 291 aa  378  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  63.51 
 
 		 290 aa  353  2e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  61.17 
 
 		 293 aa  340  2e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.83 
 
 		 293 aa  318  5e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  55.9 
 
 		 294 aa  304  9.000000000000001e-82  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  56.4 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  53.1 
 
 		 292 aa  301  6.000000000000001e-81  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  52.25 
 
 		 292 aa  296  4e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  53.79 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 300 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  52.04 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  55.78 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  50 
 
 		 297 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  49.33 
 
 		 301 aa  277  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  51.53 
 
 		 294 aa  275  9e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  47.99 
 
 		 301 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  52 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  53.98 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  52.23 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.31 
 
 		 301 aa  265  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  46.98 
 
 		 301 aa  265  8e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 293 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  47.99 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  48.84 
 
 		 308 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 319 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 319 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  48.5 
 
 		 308 aa  258  8e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  51.57 
 
 		 287 aa  258  9e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1675  inner-membrane translocator  53.04 
 
 		 299 aa  257  1e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.644536  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  48.54 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  48.54 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  48.17 
 
 		 319 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  48.33 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  48.51 
 
 		 302 aa  255  6e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  46.58 
 
 		 319 aa  255  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.84 
 
 		 308 aa  254  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  47.84 
 
 		 308 aa  254  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.84 
 
 		 308 aa  254  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  47.25 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  47.85 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  47.87 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  47.84 
 
 		 308 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  252  5.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.25 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  51.96 
 
 		 309 aa  251  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.94 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  44.94 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.94 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.94 
 
 		 316 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  46.38 
 
 		 304 aa  248  8e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.25 
 
 		 316 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  46.46 
 
 		 300 aa  247  1e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1066  inner-membrane translocator  48.46 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00641991  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  46.03 
 
 		 304 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.18 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  44.94 
 
 		 316 aa  246  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  50.68 
 
 		 291 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  46.46 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  45.18 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  49.34 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  47.19 
 
 		 302 aa  245  4.9999999999999997e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3875  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  47.18 
 
 		 308 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  46.39 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  46.23 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  48.17 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.84 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  46 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>