More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0534 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  555  1e-157  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  53.06 
 
 		 300 aa  306  3e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  54.3 
 
 		 308 aa  295  6e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  53.26 
 
 		 293 aa  291  8e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  49.48 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  52.56 
 
 		 294 aa  281  6.000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  51.03 
 
 		 293 aa  279  5e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  52.25 
 
 		 291 aa  277  1e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.74 
 
 		 289 aa  277  2e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.69 
 
 		 293 aa  276  3e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50.52 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  54.76 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  46.78 
 
 		 298 aa  270  2e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  51.89 
 
 		 291 aa  268  5.9999999999999995e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  51.05 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  48.11 
 
 		 294 aa  261  8e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  49.83 
 
 		 297 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1943  inner-membrane translocator  52.23 
 
 		 291 aa  260  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2272  inner-membrane translocator  52.58 
 
 		 291 aa  260  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.711778 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  47.93 
 
 		 293 aa  256  2e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1675  inner-membrane translocator  48.31 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.644536  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0933  inner-membrane translocator  49.65 
 
 		 293 aa  256  5e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000263386  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  47.95 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1609  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  46.05 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  45.97 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  45.97 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.85 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.85 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.85 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.85 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  45.36 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  46.18 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  242  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0861  inner-membrane translocator  47.57 
 
 		 287 aa  241  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  46.36 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  43.33 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.48 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.25 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1066  inner-membrane translocator  46.64 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00641991  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.25 
 
 		 298 aa  235  8e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  43.1 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  43.19 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.86 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  44.11 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  42.28 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  43.19 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  42.72 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  42.72 
 
 		 319 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  42.72 
 
 		 319 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  42.86 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.55 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  45.15 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.56 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3875  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  43.56 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.56 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3739  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.51 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3832  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3934  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3765  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3754  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.85 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03306  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0258  inner-membrane translocator  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3936  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0259  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03259  hypothetical protein  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3655  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3865  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4774  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  44.74 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3104  inner-membrane translocator  43.61 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.81 
 
 		 301 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3860  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  45.18 
 
 		 308 aa  228  7e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0932593 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  44.08 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  44.3 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 304 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0612  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  46.82 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  44.97 
 
 		 301 aa  226  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  43.43 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  45.21 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2115  inner-membrane translocator  44.88 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.592251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4109  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.52 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.180327  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  43.77 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1140  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125696  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1157  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.197851  normal  0.0247648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1174  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4330  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.06779  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  44.59 
 
 		 309 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  44.12 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  44.59 
 
 		 316 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>