More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4242 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4242  inner-membrane translocator  100 
 
 		 292 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  89.04 
 
 		 292 aa  524  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1742  inner-membrane translocator  93.15 
 
 		 292 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0350501  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3557  inner-membrane translocator  92.81 
 
 		 292 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.258255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0350  inner-membrane translocator  82.19 
 
 		 292 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.018915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  60.96 
 
 		 290 aa  344  8.999999999999999e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  57.88 
 
 		 290 aa  332  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  39.45 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.62 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  42.91 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1781  ABC transporter permease  39.59 
 
 		 287 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0603975  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0430  inner-membrane translocator  43.34 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0151823  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3010  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000508141  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 290 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3583  inner-membrane translocator  32.19 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 338 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.57 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4592  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.34 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0505  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0978839  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  30.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.41 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.08 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  30.57 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.27 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.43 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  29.63 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  33.11 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  31.89 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.33 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 294 aa  126  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.33 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.33 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 291 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  29.24 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.14 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.12 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  28.33 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  31.82 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.81 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.07 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  30.12 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3394  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.35 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  32.03 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  29.81 
 
 		 316 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.81 
 
 		 316 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>