More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3172 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  100 
 
 		 309 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  87.7 
 
 		 309 aa  537  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  84.79 
 
 		 309 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  85.44 
 
 		 309 aa  522  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  83.82 
 
 		 309 aa  522  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  85.44 
 
 		 309 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  87.38 
 
 		 309 aa  519  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  82.85 
 
 		 338 aa  514  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  84.47 
 
 		 309 aa  507  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  84.14 
 
 		 309 aa  496  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  80.58 
 
 		 335 aa  474  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0759  inner-membrane translocator  75.88 
 
 		 311 aa  442  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000754526 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  65.92 
 
 		 311 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  64.24 
 
 		 316 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  66.24 
 
 		 311 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  63.29 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  63.29 
 
 		 316 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  63.61 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  62.97 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  63.29 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  64.24 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  63.29 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  63.29 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  62.97 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  63.29 
 
 		 316 aa  383  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  62.66 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  62.66 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  62.66 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  62.97 
 
 		 316 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  64.95 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  65.27 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  65.27 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  63.61 
 
 		 317 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  63.92 
 
 		 316 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3144  inner-membrane translocator  63.61 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00376696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  61.17 
 
 		 319 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2472  inner-membrane translocator  61.61 
 
 		 310 aa  344  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1729  inner-membrane translocator  63.67 
 
 		 311 aa  322  6e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.764248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2549  inner-membrane translocator  58.86 
 
 		 316 aa  294  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  48.7 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  48.38 
 
 		 300 aa  269  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  46.41 
 
 		 302 aa  267  1e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  47.08 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  46.75 
 
 		 300 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  46.41 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  47.84 
 
 		 302 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  46.93 
 
 		 302 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  48.38 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.13 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  47.59 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  47.59 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.13 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  48.05 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  47.15 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  47.59 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  47.59 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  46.98 
 
 		 304 aa  255  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  45.75 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  47.37 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.69 
 
 		 304 aa  251  7e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  45.19 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  45.89 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  46.06 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  43.89 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2611  inner-membrane translocator  44.73 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404951  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3202  inner-membrane translocator  48.05 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.412227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3900  inner-membrane translocator  47.44 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.37018 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  46.47 
 
 		 293 aa  242  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  45.28 
 
 		 292 aa  242  7e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  44.87 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  46.45 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  43.69 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2479  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.69 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  41.14 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2318  inner-membrane translocator  44.76 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.01 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  45.57 
 
 		 305 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  44.55 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  45.57 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  42.58 
 
 		 308 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.01 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.91 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  44.23 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  43.83 
 
 		 293 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  43.04 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  45.25 
 
 		 291 aa  235  5.0000000000000005e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2493  inner-membrane translocator  45.34 
 
 		 320 aa  235  6e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.440826  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  45.9 
 
 		 293 aa  235  8e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  42.9 
 
 		 308 aa  234  9e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  44.23 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>