More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2708 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2708  inner-membrane translocator  100 
 
 
311 aa  607  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.489693  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2318  inner-membrane translocator  99.68 
 
 
311 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  hitchhiker  0.00247249 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2440  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  96.46 
 
 
311 aa  564  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  87.78 
 
 
311 aa  544  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2866  inner-membrane translocator  89.39 
 
 
311 aa  535  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.631221  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  78.16 
 
 
316 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  76.58 
 
 
316 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  76.58 
 
 
316 aa  471  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  76.27 
 
 
316 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  75.95 
 
 
316 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  76.27 
 
 
316 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4757  inner-membrane translocator  77.85 
 
 
317 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  75.63 
 
 
316 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2522  inner-membrane translocator  75 
 
 
316 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  75.32 
 
 
316 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0822  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  78.48 
 
 
316 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.221033  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1886  inner-membrane translocator  75 
 
 
316 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  75 
 
 
316 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6412  inner-membrane translocator  75.63 
 
 
316 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  75 
 
 
316 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  75 
 
 
316 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  75.32 
 
 
316 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3144  inner-membrane translocator  77.85 
 
 
316 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00376696  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1729  inner-membrane translocator  74.6 
 
 
311 aa  415  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.764248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  65.92 
 
 
338 aa  404  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  65.27 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  65.27 
 
 
309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  65.59 
 
 
309 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  65.59 
 
 
309 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  65.27 
 
 
309 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  65.27 
 
 
309 aa  393  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  66.56 
 
 
335 aa  388  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  65.59 
 
 
309 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0759  inner-membrane translocator  64.95 
 
 
311 aa  385  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000754526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  65.27 
 
 
309 aa  384  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  63.99 
 
 
309 aa  381  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  63.67 
 
 
319 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2472  inner-membrane translocator  65.59 
 
 
310 aa  358  8e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2549  inner-membrane translocator  68.35 
 
 
316 aa  342  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  47.12 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  50.32 
 
 
302 aa  271  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  50 
 
 
302 aa  269  5e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  48.23 
 
 
300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  48.08 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  48.06 
 
 
300 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2397  inner-membrane translocator  48.71 
 
 
300 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00620383 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  46.43 
 
 
302 aa  261  8.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  50.16 
 
 
293 aa  259  3e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  48.7 
 
 
304 aa  259  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  47.96 
 
 
309 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2493  inner-membrane translocator  48.73 
 
 
320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.440826  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  46.79 
 
 
303 aa  258  1e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3328  inner-membrane translocator  47.42 
 
 
300 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.166964  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  48.05 
 
 
304 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  47.27 
 
 
304 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  47.27 
 
 
304 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  45.93 
 
 
293 aa  254  9e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  46.95 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  46.01 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  47.08 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  48.06 
 
 
292 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  45.54 
 
 
307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  46.1 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  44.76 
 
 
300 aa  251  8.000000000000001e-66  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1893  inner-membrane translocator  48.77 
 
 
393 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.229898  normal  0.0495469 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2976  inner-membrane translocator  48.15 
 
 
393 aa  250  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  46.18 
 
 
305 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.01 
 
 
319 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  46.01 
 
 
308 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  46.01 
 
 
308 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  47.4 
 
 
291 aa  249  5e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  46.5 
 
 
301 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  46.43 
 
 
304 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  47.59 
 
 
300 aa  248  9e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  45.05 
 
 
304 aa  247  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  45.69 
 
 
308 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  45.69 
 
 
308 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.01 
 
 
301 aa  247  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  45.69 
 
 
319 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.34 
 
 
291 aa  247  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  45.69 
 
 
319 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  46.01 
 
 
308 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.69 
 
 
308 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  45.69 
 
 
308 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  43.69 
 
 
304 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  44.34 
 
 
304 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.69 
 
 
308 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.66 
 
 
308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  46.77 
 
 
293 aa  245  6e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.01 
 
 
308 aa  244  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  45.9 
 
 
290 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.98 
 
 
293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3681  inner-membrane translocator  43.64 
 
 
305 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.911027  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  42.12 
 
 
297 aa  242  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  44.01 
 
 
308 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  47.44 
 
 
301 aa  242  7e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  43.03 
 
 
305 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2611  inner-membrane translocator  44.41 
 
 
304 aa  240  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404951  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  42.58 
 
 
308 aa  240  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.25929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>