150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_23030 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  100 
 
 		 176 aa  352  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  47.09 
 
 		 181 aa  124  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  44.44 
 
 		 179 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  43.6 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  41.42 
 
 		 177 aa  96.7  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  38.95 
 
 		 186 aa  95.5  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  38.82 
 
 		 180 aa  90.1  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  39.44 
 
 		 176 aa  89.4  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  39.77 
 
 		 176 aa  88.2  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  36.72 
 
 		 183 aa  87.8  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 181 aa  87.4  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  38.24 
 
 		 181 aa  87  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  37.79 
 
 		 193 aa  86.3  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  32.94 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  39.77 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  40.35 
 
 		 181 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 181 aa  84.7  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 175 aa  84.7  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  38.6 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  38.01 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  38.01 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.25 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  37.35 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  39.86 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  33.91 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  35.63 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  35.63 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  35.63 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  75.5  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  32.56 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  37.72 
 
 		 182 aa  66.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  29.07 
 
 		 173 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  33.54 
 
 		 174 aa  63.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 189 aa  62  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  30.95 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  35.42 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  27.74 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  31.71 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  30.39 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  31.55 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  30.99 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  34.75 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  27.89 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  31.55 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 183 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  32.75 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  25.54 
 
 		 189 aa  52.4  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  32.74 
 
 		 188 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  24.73 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 178 aa  52  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 177 aa  51.6  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 194 aa  51.2  0.000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 186 aa  51.2  0.000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  27.32 
 
 		 190 aa  51.2  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  34.5 
 
 		 174 aa  50.8  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.9 
 
 		 188 aa  50.4  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 184 aa  50.4  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  23.76 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  36.13 
 
 		 194 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  28.57 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 170 aa  50.1  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  30.52 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 		 194 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 224 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.03 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  25.4 
 
 		 212 aa  48.5  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  34.84 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  24 
 
 		 206 aa  48.5  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 179 aa  48.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  32.39 
 
 		 194 aa  47.8  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 186 aa  47.8  0.00008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 		 182 aa  47.8  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  28.89 
 
 		 217 aa  47.4  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  32.76 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  30.26 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0760  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  27.57 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  30.66 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  30.66 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>