210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1390 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 183 aa  374  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  47.43 
 
 		 177 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  48.28 
 
 		 178 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  47.43 
 
 		 179 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  47.7 
 
 		 178 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  47.73 
 
 		 178 aa  161  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  49.71 
 
 		 199 aa  159  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  45.4 
 
 		 188 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  45.98 
 
 		 178 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  44.83 
 
 		 179 aa  159  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  45.14 
 
 		 197 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  45.14 
 
 		 197 aa  158  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  45.4 
 
 		 178 aa  158  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  44.57 
 
 		 177 aa  157  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  49.15 
 
 		 179 aa  157  8e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  48.02 
 
 		 180 aa  155  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  47.46 
 
 		 179 aa  155  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  48.89 
 
 		 191 aa  154  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  46.33 
 
 		 188 aa  150  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  42.86 
 
 		 195 aa  149  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  46.07 
 
 		 188 aa  148  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  44 
 
 		 195 aa  144  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  44.57 
 
 		 196 aa  144  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  44 
 
 		 196 aa  140  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  44.57 
 
 		 179 aa  140  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  44 
 
 		 196 aa  140  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  43.43 
 
 		 176 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  40.34 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  39.66 
 
 		 182 aa  122  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  36.46 
 
 		 184 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 182 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 184 aa  115  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.76 
 
 		 184 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 184 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  38.12 
 
 		 183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  34.13 
 
 		 184 aa  111  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  36.78 
 
 		 204 aa  108  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  34.73 
 
 		 179 aa  105  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 179 aa  98.6  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  30.17 
 
 		 186 aa  97.8  7e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  30.11 
 
 		 188 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 184 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  30.29 
 
 		 189 aa  93.2  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.44 
 
 		 194 aa  91.3  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.61 
 
 		 183 aa  89.7  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 194 aa  84.3  9e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.55 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  26.7 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  33.74 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  33.86 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.74 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 181 aa  72.8  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  30.95 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 181 aa  73.2  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  34.59 
 
 		 186 aa  72.4  0.000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  28.18 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 189 aa  72  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  28.74 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  72  0.000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 183 aa  71.2  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 173 aa  71.2  0.000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  27.43 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  31.48 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 171 aa  70.5  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  31.47 
 
 		 183 aa  70.9  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  32.31 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  28.92 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  30.69 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  38.3 
 
 		 216 aa  68.6  0.00000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 192 aa  67.8  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 186 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  26.37 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  24.71 
 
 		 174 aa  67  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  32.85 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.21 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  32.58 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  23.66 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.77 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  25.77 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  32.28 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  32.28 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  32.28 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 187 aa  64.7  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  35.34 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  29.46 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>