185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1975 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 193 aa  387  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  43.82 
 
 		 183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  44.64 
 
 		 186 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  41.07 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  32.43 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  35 
 
 		 177 aa  102  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  38.6 
 
 		 174 aa  96.3  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  37.79 
 
 		 176 aa  86.3  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 188 aa  85.9  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.36 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  37.23 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  36.9 
 
 		 181 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  28.25 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  28.25 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  35.67 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  32.57 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  30.64 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 170 aa  68.2  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 172 aa  67  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  32.73 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 177 aa  63.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 170 aa  64.3  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 191 aa  64.3  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  34.9 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  62  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  31.16 
 
 		 173 aa  62  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  28.25 
 
 		 166 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  35.48 
 
 		 179 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  32.12 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  34.93 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  22.99 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  32.6 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 181 aa  58.5  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  32.28 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  26.46 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  25.56 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  32.89 
 
 		 199 aa  57  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  30.29 
 
 		 177 aa  57  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  30.68 
 
 		 184 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  32.62 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  31.54 
 
 		 180 aa  56.2  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  25.82 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  24.21 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  26.04 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  29.77 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  21.98 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 178 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  30.86 
 
 		 188 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  32.11 
 
 		 200 aa  54.3  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.47 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 181 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  34.03 
 
 		 194 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  32.43 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  32.88 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  31.84 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  31.73 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  28.68 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 177 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  31.84 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  29.75 
 
 		 177 aa  52.4  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 179 aa  52.4  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 		 176 aa  52  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 180 aa  52  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>