93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1635 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 170 aa  342  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  42.35 
 
 		 180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  39.02 
 
 		 166 aa  112  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  36.05 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  36.36 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  34.13 
 
 		 186 aa  67.8  0.00000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  34.09 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  37.87 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  30.49 
 
 		 195 aa  66.6  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  33.33 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  30.12 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  31.98 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 181 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.4 
 
 		 217 aa  51.2  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  29.14 
 
 		 175 aa  51.2  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  29.45 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 184 aa  50.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2498  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  34.88 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.01 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  30.37 
 
 		 193 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  32.61 
 
 		 193 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  33.82 
 
 		 214 aa  47.8  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32.9 
 
 		 181 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  31.36 
 
 		 222 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  32.74 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  30.36 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  33.73 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.22 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  36.73 
 
 		 179 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  28.24 
 
 		 189 aa  45.4  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  36.23 
 
 		 204 aa  45.4  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.11 
 
 		 190 aa  45.4  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  27.86 
 
 		 193 aa  45.1  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 189 aa  45.1  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 178 aa  45.1  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  30.36 
 
 		 189 aa  44.7  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 181 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 170 aa  44.3  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  26.38 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  31.21 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  32.48 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  38 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35.17 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 		 182 aa  43.9  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  31.36 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.14 
 
 		 179 aa  43.9  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  33.59 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 222 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  33.06 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  30.5 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  30.5 
 
 		 176 aa  42.4  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  32.14 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  33.59 
 
 		 178 aa  42.4  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  27.44 
 
 		 176 aa  42.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  33.6 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 194 aa  42  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.12 
 
 		 188 aa  42  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  32.62 
 
 		 184 aa  42  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  24.16 
 
 		 186 aa  42  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  31.91 
 
 		 176 aa  42  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 190 aa  42  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  35.58 
 
 		 186 aa  42  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  41.6  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0335  2'-5' RNA ligase  34.51 
 
 		 182 aa  41.6  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.19642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  29.38 
 
 		 180 aa  41.6  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  30 
 
 		 201 aa  41.6  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 184 aa  41.6  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  31.43 
 
 		 176 aa  41.2  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3503  2',5' RNA ligase  34.97 
 
 		 192 aa  41.2  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968383  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 176 aa  41.2  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  26.15 
 
 		 183 aa  40.8  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  34 
 
 		 178 aa  41.2  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  29.5 
 
 		 176 aa  41.2  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 184 aa  40.8  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 186 aa  40.4  0.01  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>