44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1384 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 222 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  95.5 
 
 		 222 aa  401  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  67.88 
 
 		 198 aa  258  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  48.7 
 
 		 196 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  46.63 
 
 		 207 aa  168  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  50.52 
 
 		 195 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  45.88 
 
 		 207 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  45.36 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  42.21 
 
 		 200 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  43.88 
 
 		 201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  41.26 
 
 		 205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1918  putative ligase  42.78 
 
 		 201 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102106  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  46.02 
 
 		 189 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2787  2'-5' RNA ligase  39.53 
 
 		 206 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.320306  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 199 aa  85.1  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4293  2',5' RNA ligase  31.84 
 
 		 197 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.775847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3202  hypothetical protein  33.16 
 
 		 183 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59985  normal  0.950309 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1350  2'-5' RNA ligase-like protein  30.2 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1426  2',5' RNA ligase  34.52 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0723245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2421  2',5' RNA ligase  34.01 
 
 		 201 aa  67  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0368864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  28.95 
 
 		 195 aa  64.7  0.0000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  32.07 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  28.92 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2923  2',5' RNA ligase  33.04 
 
 		 194 aa  54.3  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0916331  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  30.17 
 
 		 174 aa  53.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  30.18 
 
 		 182 aa  52.8  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  31.38 
 
 		 176 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 		 176 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.43 
 
 		 190 aa  48.9  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 182 aa  48.5  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  26.67 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  31.36 
 
 		 170 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 188 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 175 aa  44.3  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 184 aa  44.3  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 		 180 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.06 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  30.27 
 
 		 184 aa  42.4  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  26.34 
 
 		 187 aa  42.4  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.09 
 
 		 184 aa  42  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  24.58 
 
 		 193 aa  41.6  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  25.48 
 
 		 212 aa  41.6  0.01  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  26.32 
 
 		 190 aa  41.6  0.01  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>