228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3530 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 184 aa  370  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  58.19 
 
 		 179 aa  197  7e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  51.7 
 
 		 182 aa  185  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  49.43 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  48.55 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  47.34 
 
 		 184 aa  142  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  42.94 
 
 		 186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  37.85 
 
 		 199 aa  132  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  42.05 
 
 		 179 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  42.37 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  38.07 
 
 		 178 aa  123  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  36.93 
 
 		 178 aa  122  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  36.46 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  36.36 
 
 		 178 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  37.5 
 
 		 178 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  37.57 
 
 		 188 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 178 aa  117  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  40.57 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 		 179 aa  115  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  36.93 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  37.71 
 
 		 199 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  36 
 
 		 179 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 197 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  37.71 
 
 		 195 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 197 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  38.62 
 
 		 190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  37.5 
 
 		 190 aa  114  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  43.09 
 
 		 188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  40.98 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  40.44 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 		 176 aa  109  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  40.98 
 
 		 184 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  36.52 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  35.96 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  40.45 
 
 		 177 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  39.66 
 
 		 179 aa  104  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  37.3 
 
 		 188 aa  104  7e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  35.96 
 
 		 196 aa  103  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 194 aa  101  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 191 aa  101  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 		 181 aa  100  8e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 177 aa  100  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  35.64 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 189 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  37.04 
 
 		 189 aa  99  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  35.26 
 
 		 195 aa  98.6  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  32.79 
 
 		 194 aa  97.8  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 185 aa  97.8  8e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  32.62 
 
 		 192 aa  97.8  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  30.48 
 
 		 190 aa  97.1  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  36.52 
 
 		 188 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  39.34 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  35.96 
 
 		 188 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  36.46 
 
 		 193 aa  95.1  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  38.04 
 
 		 180 aa  94.4  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  36.52 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 177 aa  94  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  33.68 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  36 
 
 		 186 aa  93.2  2e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 187 aa  92.4  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  33.15 
 
 		 188 aa  92.8  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  32.28 
 
 		 193 aa  92.4  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  36.03 
 
 		 193 aa  92  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  34.04 
 
 		 193 aa  91.3  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  30.73 
 
 		 183 aa  90.1  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  32.22 
 
 		 187 aa  89.4  3e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 179 aa  89.4  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 		 184 aa  88.6  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 190 aa  88.2  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 186 aa  88.2  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 179 aa  87.8  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  27.75 
 
 		 194 aa  87  1e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 179 aa  86.7  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  41.73 
 
 		 196 aa  86.7  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  28.09 
 
 		 171 aa  87  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  32.56 
 
 		 183 aa  85.9  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  36.02 
 
 		 190 aa  85.5  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  34.92 
 
 		 194 aa  85.5  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  36.22 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 		 187 aa  84.7  6e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  35.94 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 194 aa  84  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  34.65 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  35.94 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  23.6 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  32.31 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  30.65 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  33.9 
 
 		 186 aa  80.5  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 183 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>