196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A2125 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 195 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  38.73 
 
 		 186 aa  120  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  36.78 
 
 		 183 aa  117  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  32.43 
 
 		 193 aa  105  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  33.92 
 
 		 177 aa  98.2  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  31.29 
 
 		 190 aa  89.4  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 181 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  31.4 
 
 		 181 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  31.4 
 
 		 181 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.34 
 
 		 174 aa  84.7  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  84.7  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  33.72 
 
 		 176 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  30.23 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  31.25 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  31.18 
 
 		 179 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  29.76 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  31.4 
 
 		 176 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  28.41 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  33.77 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  33.74 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 182 aa  75.1  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 176 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 176 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.18 
 
 		 183 aa  70.5  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  30.49 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  26.04 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  29.58 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  28.95 
 
 		 222 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  32.56 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  31.14 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  25.81 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2482  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 189 aa  58.9  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.097083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.32 
 
 		 193 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.02 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 176 aa  57  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  28.33 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 195 aa  57  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  25.54 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  27.93 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  27.32 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 173 aa  55.5  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  27.53 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  28.86 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  27.78 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  27.62 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  26.16 
 
 		 188 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  27.93 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  25.84 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  26.97 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 180 aa  53.1  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  25.84 
 
 		 172 aa  52  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  26.78 
 
 		 181 aa  52  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  26.42 
 
 		 190 aa  51.6  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  25.44 
 
 		 174 aa  51.6  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  25.82 
 
 		 193 aa  51.2  0.000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  23.94 
 
 		 173 aa  50.8  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  27.78 
 
 		 178 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  27.03 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  27.15 
 
 		 181 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  25.77 
 
 		 193 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 184 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  30.17 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  26.37 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 193 aa  50.4  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  26.88 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>