159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00469 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  100 
 
 		 217 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  30.92 
 
 		 176 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 191 aa  86.7  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 191 aa  86.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 191 aa  86.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  32.62 
 
 		 177 aa  84.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  34.06 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  34.78 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  30.2 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  31.88 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  31.62 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  35.17 
 
 		 174 aa  73.6  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 176 aa  72  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 175 aa  72  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  30.34 
 
 		 181 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  34.04 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  28.77 
 
 		 181 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  34.07 
 
 		 186 aa  69.7  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 186 aa  69.3  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  29.66 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 183 aa  68.6  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  27.86 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  29.75 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  27.54 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  28.08 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  29.58 
 
 		 195 aa  65.9  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  27.67 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  40 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  32.72 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  32.1 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  29.2 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 181 aa  62  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  26.8 
 
 		 224 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  31.14 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  33.81 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  30.15 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  31.54 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  30.89 
 
 		 179 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 173 aa  57  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  30.49 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 187 aa  57  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  32.63 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  26.97 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  29.87 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  35.9 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  27.45 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.2 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  33.66 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  30.39 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  26.17 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  27.11 
 
 		 188 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.76 
 
 		 178 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  28.68 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  25.32 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 183 aa  52.8  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 186 aa  52.8  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  28 
 
 		 195 aa  52.4  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  26.67 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 188 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  35.48 
 
 		 180 aa  52  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  28.37 
 
 		 197 aa  52  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  27.45 
 
 		 178 aa  51.6  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  29.93 
 
 		 166 aa  50.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  25.87 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  26.58 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  27.22 
 
 		 190 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  30.4 
 
 		 170 aa  51.2  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  31.63 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 189 aa  50.8  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  25.95 
 
 		 178 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.82 
 
 		 179 aa  50.4  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.66 
 
 		 187 aa  49.7  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  33.65 
 
 		 182 aa  49.7  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  26.35 
 
 		 183 aa  50.1  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  27.59 
 
 		 181 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  31.25 
 
 		 174 aa  49.3  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  25.32 
 
 		 190 aa  49.3  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  26 
 
 		 182 aa  49.3  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  26.47 
 
 		 197 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>