199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4476 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 191 aa  370  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  87.5 
 
 		 188 aa  318  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  86.41 
 
 		 188 aa  316  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  66.85 
 
 		 179 aa  235  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  63.48 
 
 		 179 aa  217  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  61.8 
 
 		 180 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  57.95 
 
 		 179 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  57.87 
 
 		 177 aa  191  7e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  56.82 
 
 		 188 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  57.87 
 
 		 177 aa  189  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  57.95 
 
 		 178 aa  188  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  55.11 
 
 		 179 aa  186  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  55.31 
 
 		 176 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  50.56 
 
 		 197 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  50.56 
 
 		 197 aa  161  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  51.96 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  53.33 
 
 		 196 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  49.44 
 
 		 195 aa  155  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  48.89 
 
 		 183 aa  154  8e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  50.56 
 
 		 196 aa  149  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  48.31 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  50 
 
 		 196 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  41.34 
 
 		 178 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  41.9 
 
 		 179 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  37.87 
 
 		 184 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  37.99 
 
 		 199 aa  109  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  39.34 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  38.8 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  38.16 
 
 		 184 aa  101  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  37.43 
 
 		 184 aa  101  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  37.14 
 
 		 182 aa  101  8e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  39.13 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  35.36 
 
 		 179 aa  95.5  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 		 182 aa  95.5  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  37.64 
 
 		 204 aa  94.4  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 179 aa  90.1  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  42.22 
 
 		 177 aa  90.1  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  33.86 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  33.59 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  30.36 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  30.36 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  30.36 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  30.36 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  28.74 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  32.2 
 
 		 178 aa  77.4  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  33.87 
 
 		 178 aa  77.4  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 181 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  30.34 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  29.09 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.09 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  31.89 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 		 179 aa  74.3  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  33.94 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.48 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  27.88 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  30.67 
 
 		 189 aa  68.6  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  37.96 
 
 		 190 aa  68.2  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  38.28 
 
 		 190 aa  67.8  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.89 
 
 		 193 aa  67  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.58 
 
 		 183 aa  66.2  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  26.97 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  33.92 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  39.85 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  27.69 
 
 		 182 aa  62  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  30.87 
 
 		 179 aa  62  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  31.33 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  32.42 
 
 		 189 aa  61.2  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  27.88 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  26.73 
 
 		 199 aa  61.2  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 185 aa  61.2  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  31.37 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  30.47 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  32.35 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  34.92 
 
 		 186 aa  60.5  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  25.58 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.58 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  32.35 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  33.1 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  34.93 
 
 		 190 aa  59.7  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  27.13 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  24.46 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.28 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  33.85 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  40.16 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  37.61 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  35.77 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1290  2'-5' RNA ligase  38.21 
 
 		 195 aa  57  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  24.02 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>