158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2116 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 179 aa  359  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  58.1 
 
 		 181 aa  201  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  57.3 
 
 		 181 aa  200  7e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  56.98 
 
 		 181 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  55.06 
 
 		 181 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  44.44 
 
 		 176 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  44.12 
 
 		 181 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  42.11 
 
 		 182 aa  92  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.24 
 
 		 191 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 177 aa  89  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  35.96 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 176 aa  86.7  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  36.16 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  34.68 
 
 		 176 aa  84.7  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 176 aa  84.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 176 aa  84.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  36.21 
 
 		 176 aa  84.3  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 176 aa  84.3  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  32.75 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  34.66 
 
 		 176 aa  83.6  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.18 
 
 		 195 aa  79  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  33.72 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  41.04 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  29.07 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  33.94 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  36.63 
 
 		 188 aa  74.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  33.93 
 
 		 174 aa  68.2  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 175 aa  67  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  37.04 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  32.73 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  35.48 
 
 		 193 aa  60.1  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  36.92 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  31.14 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  31.61 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.43 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  30.89 
 
 		 217 aa  57  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.3 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  31.29 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  32.47 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  32.72 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  34.38 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 179 aa  54.3  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.78 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  30.72 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  32.1 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 214 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  27.91 
 
 		 173 aa  53.9  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  31.95 
 
 		 197 aa  53.5  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  23.49 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  27.98 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  32.11 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.06 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  26.7 
 
 		 193 aa  52.4  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 183 aa  51.2  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  30.27 
 
 		 199 aa  50.8  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  29.52 
 
 		 179 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.19 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  25.57 
 
 		 193 aa  50.1  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  29.09 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  36.62 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  28.4 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  27.82 
 
 		 187 aa  49.3  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 178 aa  48.9  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  27.96 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  31.91 
 
 		 154 aa  48.9  0.00004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  32.31 
 
 		 184 aa  48.5  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  33.07 
 
 		 180 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  30.6 
 
 		 183 aa  48.5  0.00005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 183 aa  48.5  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  26.83 
 
 		 194 aa  48.1  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  25.47 
 
 		 190 aa  47.8  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  34.76 
 
 		 184 aa  47.8  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  30.47 
 
 		 179 aa  47.8  0.00009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 179 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  33.86 
 
 		 194 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  28.79 
 
 		 187 aa  47  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  24.57 
 
 		 181 aa  47  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2442  2',5' RNA ligase  32.98 
 
 		 196 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.900073 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  34.22 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  30.25 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>