169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5472 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 180 aa  352  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  83.15 
 
 		 179 aa  295  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  58.99 
 
 		 179 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  60.67 
 
 		 188 aa  214  5e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  61.8 
 
 		 191 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  58.99 
 
 		 188 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  61.67 
 
 		 178 aa  205  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 179 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  60 
 
 		 178 aa  201  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  60.56 
 
 		 178 aa  198  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  58.33 
 
 		 179 aa  197  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  59.55 
 
 		 178 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  60.34 
 
 		 188 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  56.18 
 
 		 177 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  55.62 
 
 		 177 aa  191  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  55 
 
 		 196 aa  179  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  56.18 
 
 		 199 aa  178  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  55 
 
 		 196 aa  177  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  53.37 
 
 		 197 aa  175  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  57.87 
 
 		 176 aa  176  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  53.37 
 
 		 197 aa  175  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  54.44 
 
 		 196 aa  174  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  51.69 
 
 		 195 aa  169  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  48.88 
 
 		 195 aa  157  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  48.02 
 
 		 183 aa  155  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  43.33 
 
 		 178 aa  110  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  43.5 
 
 		 204 aa  108  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  37.65 
 
 		 184 aa  98.6  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  38.33 
 
 		 179 aa  96.3  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  37.43 
 
 		 184 aa  95.1  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.33 
 
 		 184 aa  94.4  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  38.33 
 
 		 184 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 182 aa  92.4  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 184 aa  91.7  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  35.87 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  35.16 
 
 		 199 aa  88.2  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  31.65 
 
 		 182 aa  84.7  6e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 		 179 aa  84.7  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  33.52 
 
 		 179 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  35.87 
 
 		 183 aa  84  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  32.78 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 177 aa  81.3  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 184 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  30.22 
 
 		 186 aa  75.5  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  30.36 
 
 		 184 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 178 aa  72.8  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  29.52 
 
 		 181 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  29.94 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  29.94 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  29.94 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  32.97 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  29.27 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  31.93 
 
 		 194 aa  67.4  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.66 
 
 		 181 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 189 aa  66.2  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  31.84 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  28.02 
 
 		 193 aa  65.1  0.0000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  28.14 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  28.05 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 193 aa  64.3  0.0000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.06 
 
 		 193 aa  64.3  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5153  2'-5' RNA ligase  36.5 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.198908  normal  0.46298 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  34.25 
 
 		 179 aa  64.3  0.0000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  27.44 
 
 		 181 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30.71 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  33.56 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  29.23 
 
 		 174 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  33.71 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  28.46 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 182 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  29.7 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  25.38 
 
 		 173 aa  57  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1728  2'-5' RNA ligase  35.77 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.747406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.85 
 
 		 183 aa  57  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  27.69 
 
 		 174 aa  57  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  26.7 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.22 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  31.54 
 
 		 179 aa  55.5  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  25.69 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  25.69 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  30.99 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  25.61 
 
 		 194 aa  54.7  0.0000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 		 200 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.57 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  29.83 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  30.48 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  22.89 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  35.24 
 
 		 192 aa  52.4  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  23.33 
 
 		 194 aa  52  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  26.9 
 
 		 184 aa  52.4  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  25.54 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.08 
 
 		 185 aa  51.6  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  30.63 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  30.63 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  30.63 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  30.63 
 
 		 186 aa  51.2  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>