188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3466 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  99.48 
 
 		 191 aa  393  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  66.67 
 
 		 180 aa  247  7e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  69.05 
 
 		 176 aa  242  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  65.68 
 
 		 176 aa  236  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  64.91 
 
 		 177 aa  231  5e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  64.94 
 
 		 176 aa  229  2e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  59.89 
 
 		 184 aa  221  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  60 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  213  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  211  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  210  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  210  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  59.41 
 
 		 176 aa  209  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  37.02 
 
 		 188 aa  94.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  32.24 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  37.85 
 
 		 182 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  34.06 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 175 aa  85.9  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  34.71 
 
 		 186 aa  84.3  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 181 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  31.84 
 
 		 177 aa  81.3  0.000000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  38.93 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  35.63 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  35.47 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 		 186 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  30.9 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 190 aa  72  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.53 
 
 		 174 aa  71.2  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  35.29 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  30.49 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  28.35 
 
 		 190 aa  68.6  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  31.33 
 
 		 190 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  30.56 
 
 		 181 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  29.88 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  30.95 
 
 		 181 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  31.33 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  31.49 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  29.44 
 
 		 193 aa  64.3  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  29.44 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  32.04 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  31.13 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  29.28 
 
 		 184 aa  62  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 179 aa  62  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  29.8 
 
 		 212 aa  62  0.000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  36.72 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  30 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  30.51 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  27.03 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  25.43 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 		 188 aa  57.8  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  34.75 
 
 		 189 aa  57.8  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  30.69 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  27.38 
 
 		 173 aa  57.4  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  32.81 
 
 		 182 aa  57  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  31.88 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  23.59 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  27.62 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  26.59 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  28.87 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  29.63 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  26.23 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 170 aa  54.3  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  28.68 
 
 		 181 aa  54.3  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  27.07 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  24.68 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  27.07 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  25.5 
 
 		 199 aa  52.8  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 197 aa  52.4  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  30.34 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  34.23 
 
 		 186 aa  52.4  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  27.75 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 187 aa  52  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  26.74 
 
 		 189 aa  51.6  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  32.69 
 
 		 187 aa  52  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 182 aa  51.6  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>