156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1005 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1005  2',5' RNA ligase  100 
 
 		 183 aa  364  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0968272  normal  0.0378462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  47.93 
 
 		 186 aa  141  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  43.82 
 
 		 193 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  44.1 
 
 		 190 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  36.78 
 
 		 195 aa  117  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  38.46 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  37.35 
 
 		 174 aa  91.3  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  36.72 
 
 		 176 aa  87.8  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 		 182 aa  86.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  38.95 
 
 		 182 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  35.54 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  37.64 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2842  2',5' RNA ligase  36.31 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  35.06 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1635  2'-5' RNA ligase  36.05 
 
 		 170 aa  74.7  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.44124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  33.53 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  32.18 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  34.83 
 
 		 177 aa  72.4  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  71.6  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  30.41 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  32.18 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  32.95 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  33.33 
 
 		 217 aa  68.6  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 173 aa  67.8  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 176 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32.72 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2563  2'-5' RNA ligase  33.73 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043811  hitchhiker  0.0000000000000955583 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1384  2'-5' RNA ligase  32.07 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  0.876718 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  32.73 
 
 		 179 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  31.68 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  29.89 
 
 		 197 aa  60.5  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1443  putative ligase protein  33.15 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1320  2'-5' RNA ligase  32.07 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0321525  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1946  2',5' RNA ligase  27.71 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.1 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  30.53 
 
 		 193 aa  57.8  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2337  Phosphoesterase HXTX  31.44 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.714494 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2222  hypothetical protein  28.07 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.19028  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  31.15 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  26.43 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  33.83 
 
 		 189 aa  54.7  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01767  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 200 aa  54.3  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.680529  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  37.23 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 		 207 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  24.58 
 
 		 181 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  39.69 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  26.63 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 181 aa  53.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  27.43 
 
 		 170 aa  52.4  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1161  2'-5' RNA ligase  35.71 
 
 		 174 aa  52.4  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.274053  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  26.55 
 
 		 176 aa  52.8  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  31.64 
 
 		 177 aa  51.6  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  24.02 
 
 		 181 aa  51.2  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  27.82 
 
 		 176 aa  51.2  0.000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  38.17 
 
 		 186 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  27.33 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 		 178 aa  49.7  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  31.47 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 180 aa  49.3  0.00003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0308  2'-5' RNA ligase  35.8 
 
 		 191 aa  49.3  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  22.35 
 
 		 171 aa  48.9  0.00004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  28.67 
 
 		 197 aa  48.9  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  29.37 
 
 		 197 aa  48.9  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 187 aa  48.9  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  24.58 
 
 		 181 aa  48.5  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  32.03 
 
 		 182 aa  48.1  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 		 187 aa  48.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 199 aa  47.8  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4557  2',5' RNA ligase  28.09 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0162437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  29.86 
 
 		 195 aa  47  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>